乳腺癌转移灶中基因组亚型特异性的拷贝数改变

《Scientific Reports》：Breast cancer genomic subtype-specific copy number alterations in metastases

　　

摘要

乳腺癌是全球第二常见的癌症，其发病率不断上升，且复发后预后较差。通过对原发性乳腺肿瘤的基因组分析，发现了具有不同复发风险的亚型，这凸显了肿瘤基因组学在理解肿瘤转移机制中的重要性。然而，由于样本量有限、缺乏原发性肿瘤的基准数据，以及面板测序的基因组覆盖范围不足，与肿瘤转移相关的基因组变异及其在不同基因组亚型间的差异仍不清楚。为填补这一空白，我们使用统一的计算流程分析了近1300个经过全基因组测序且未匹配的原发性肿瘤及其转移灶。通过改进的分类器，将体细胞拷贝数特征分为不同的基因组亚型，即“整合簇”。借助多种全基因组分析方法，我们在转移灶中拷贝数发生改变或减少的区域找到了潜在基因，并确定了可能在各基因组亚型中促进肿瘤转移的生物通路。这些针对特定亚型的候选基因为确定治疗策略及开展未来关于转移性乳腺癌的功能研究提供了框架。