Invas：一种考虑倒序的转录组组装方法

《Nature Communications》：Invas: an inversion-aware method for transcriptome assembly

　　

摘要

基因内倒位会改变基因内的序列方向，从而产生标准转录本组装工具无法识别的非共线剪接连接点，这会导致转录本重建不完整以及定量结果出现偏差。在此，我们介绍了Invas——一种基于批量短读长测序数据的倒位识别框架。该框架能够将全基因组测序的断裂点与转录组测序数据相结合，找回未映射的读取序列，并通过共轭流优化技术来组装不同形式的转录本。在42,000个案例的模拟测试中，Invas展现了极高的精确度和召回率，相较于传统工具，它能更准确地量化那些未受影响的转录本。我们将Invas应用于七个疾病群体，发现了反复出现的种系易感变异和体细胞驱动因子。此外，Invas还有助于发现由体细胞倒位产生的具有较强免疫原性预测值的肿瘤特异性抗原。我们将Invas及InvasDB作为公共资源开放，以便更精准地分析受倒位影响的基因，填补了结构变异感知型转录组学领域的这一重要空白。