长鳍蛇鳗Pisodonophis cancrivorus（Richardson, 1848）的初步全基因组分析

《Genetica》：A preliminary whole-genome survey of longfin snake eel Pisodonophis cancrivorus (Richardson, 1848)

　　

摘要

长鳍蛇鳗，学名为Pisodonophis cancrivorus（鳗形目：蛇鳗科），是一种典型的蛇鳗，广泛分布于印度-太平洋地区的咸水和海洋水域中。由于其对外界环境变化较为敏感，它已成为评估热带沿海生态系统栖息地健康状况的潜在生物指示物，在养分循环和底栖群落动态中发挥着重要作用。据我们所知，目前尚未有关于P. cancrivorus的基因组研究报道。在本研究中，通过全基因组测序方法获得了该物种的初步基因组信息。其基因组大小约为2.01 Gb，杂合度、重复序列比例以及GC含量分别为1.35%、39.37%和41.56%。共检测到4,338,707个全基因组微卫星标记，出现频率为27.13%。在六种完美的微卫星标记中，二核苷酸重复序列最为常见（42.23%），而五核苷酸重复序列的比例最低（1.33%）。总共鉴定出约5,539个可能的编码基因。通过利用Gene Ontology（GO）和EuKaryotic Orthologous Groups（KOG）数据库对这些基因进行功能分类，发现它们参与了多种生理和生化过程，包括细胞过程、细胞结构实体、结合及信号转导机制等。京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析显示，神经活性配体-受体相互作用是其中被标注最多的KEGG通路之一。重建的系统发育关系表明，P. cancrivorus、Conger conger和C. myriaster在进化树中属于同一分支。这一拓扑结构初步表明蛇鳗科与康吉鳗科之间存在密切关系，而所研究的两个鼠鳗科物种则形成了独立的演化支。本研究为这一蛇鳗科物种提供了最新的基因组资源以及初步的系统发育参考。