死亡平等：儿童早期基督教墓葬的古代基因组分析

《SCIENCE ADVANCES》：Equal in death: Ancient genomic analysis of children’s early Christian burials

　　

对年轻个体骨骼遗骸的性别鉴定在考古学中至关重要但极其困难。无法通过形态学可靠性别鉴定的儿童经常被排除在性别相关研究之外，限制了对过去童年的理解。在缺乏随葬品的背景下，如早期基督教墓葬，这个问题更加复杂。研究人员对瑞典从维京时代晚期到中世纪时期的142个个体进行了基因组筛查（genomic screening），包括来自27个单人墓葬和50个多人墓葬的68个亚成体（subadults）和74个成人。为了调查儿童在死亡中的待遇和集体墓葬（collective graves）的作用，研究人员对来自三个遗址的个体应用了基因组性别鉴定（genomic sexing）和亲缘关系分析（kinship analyses）。与集体墓葬反映紧密亲缘关系（close kinship）的假设相反，研究结果显示，与成人合葬的儿童很少共享紧密的生物联系。墓葬模式表明性别角色（gender roles）很早就建立了，男孩和大多数女孩都模仿了成人的空间模式。然而，存在灵活性，扩展的亲缘关系（extended kinship）可能在这些社区的结构化中发挥了核心作用。

### 论文解读：死亡平等——儿童早期基督教墓葬的古代基因组分析

#### 研究背景与问题
儿童考古学（childhood archaeology）是一个相对较新的研究领域，对15岁以下亚成体（subadult）骨骼遗骸的性别鉴定在考古学中尤为困难，因为形态学方法不可靠，且遗骸常呈碎片状。这一问题在早期基督教墓葬中更为突出，因为此类墓葬通常缺乏随葬品（grave goods），无法通过物质文化推断性别。因此，儿童常被排除在性别相关研究之外，限制了对过去童年社会化的理解。此外，学界之前普遍假设多人墓葬（multiple burials）反映紧密的生物亲缘关系（biological kinship），但这种假设缺乏直接证据。为了揭示儿童在死亡中的待遇以及集体墓葬（collective burials）的社会意义，研究人员开展了这项研究。

#### 研究概述与结论
研究人员对瑞典三个地点（Fj?lkinge、Sigtuna、V?sterhus）的142个晚期维京时代至中世纪早期个体进行了基因组筛选（genomic screening），其中包括68个亚成体和74个成人，来自27个单人墓葬和50个多人墓葬。通过基因组性别鉴定（genomic sexing）、亲缘关系分析（kinship analyses）、核型分析（karyotype）、同源片段共享（identical-by-descent, IBD）等方法，研究得出以下核心结论：与假设相反，多人墓葬中与成人合葬的儿童很少与成人共享紧密的生物亲缘关系（第一或第二度亲属）；墓葬模式显示性别角色在儿童中已早期建立，男孩和大多数女孩的空间分布与成人性别模式一致；扩展的亲缘关系（extended kinship）可能是社区组织的重要基础。该论文发表在《SCIENCE ADVANCES》。

#### 关键技术方法概述
研究采用了以下主要技术方法（样本来源：瑞典Fj?lkinge、Sigtuna、V?sterhus三个遗址）：（1）基因组筛选与测序：对牙齿和岩骨进行DNA提取，构建Illumina兼容文库，在HiSeqX和NovaSeq平台上测序；（2）分子性别鉴定：通过Ry方法（Ry-method）和核型检测脚本（karyo_RxRy_script.py）确定生物学性别；（3）亲缘关系分析：联合使用三种软件（READ、lcMLkin、NgsRelate v2）进行保守性重叠推断，结合单亲标记和死亡年龄构建系谱；（4）基因组插补与IBD分析：使用GLIMPSE2对覆盖率>0.1×的基因组进行插补，然后通过ancIBD检测共享IBD片段；（5）纯合性片段（runs of homozygosity, ROH）分析：使用hapROH软件评估近亲繁殖水平；（6）HLA分型：对高覆盖率个体使用nf-core/HLAtyping管道（基于OptiType）进行人类白细胞抗原（human leukocyte antigen, HLA）基因分型，结合系谱信息进行单倍型推断。

#### 研究结果
**个体与群体遗传分析（Individual and population genetic analyses）**
通过对142个个体进行基因组筛查，研究人员获得了116个来自50个多人墓葬的个体数据，以及25个单人墓葬个体作为对照。种群遗传学分析（主成分分析、f3/f4统计、多维尺度分析）显示，各地点之间遗传分化微弱，但V?sterhus存在较高的背景亲缘关系（background relatedness），而Sigtuna城市人群异质性更高。

**性别、年龄与墓葬组成和位置的关联（Sex and age association with burial composition and location）**
对51个多人墓葬的118个个体分析显示，同性别成人-儿童墓葬（same-sex adult-child burials）显著占主导（60.7%），而蒙特卡洛模拟证实这种模式并非随机（P=0.0002）。空间分布上，V?sterhus墓地中男孩和女孩大致遵循成人性别空间分隔（男性在南、女性在北），但少数女婴被葬在通常属于男性的南部区域，且与男性合葬。

**遗传亲缘关系与基因组多样性（Genetic relatedness and genomic diversity）**
配对核苷酸多样性（pairwise nucleotide diversity）分析表明，多人墓葬中个体间的遗传多样性不低于单人墓葬个体，说明多人墓葬并非主要由紧密亲属组成。亲缘关系分析在V?sterhus的25个多人墓葬中仅发现3个（12.0%）包含第一度亲属（如姐妹、父子），Sigtuna的16个多人墓葬中仅发现2个（12.5%）包含第二度或亲子关系，而Fj?lkinge未发现同墓亲属。进一步对V?sterhus的一个核心家族（kindred-1）进行HLA分型，成功重建了HLA-I类等位基因的单倍型，验证了系谱推断。

**插补、IBD与hapROH分析（Imputation, IBD, and hapROH analyses）**
对131个覆盖率>0.1×的基因组进行插补后，通过ancIBD检测到1179个共享≥3个>12cM的IBD片段的个体对，但仅约6.38%的此类关系发生在同墓个体之间，表明多人墓葬中密切关系罕见。hapROH分析显示大多数个体的纯合性片段（ROH）较短（4–8 cM），符合小祖先群体规模，而个别个体（如mbv111和mbv190）存在较长ROH，提示近亲繁殖。

**背景亲缘关系与群体遗传结构（Background relatedness and population-genetic structure）**
基于IBD的网络分析显示V?sterhus的背景亲缘关系显著高于Sigtuna，这种高背景亲缘关系可能影响主成分分析（PCA）的聚类和遗传多样性测量。f3和f4统计未发现个体或地点间的显著遗传分化，但多维尺度分析（MDS）提示Fj?lkinge与Sigtuna、V?sterhus存在轻微差异。

#### 讨论与结论
讨论部分指出，多人墓葬中同性别成人-儿童墓葬占主导，但合葬个体间罕见紧密生物亲缘关系，挑战了传统认为的“家庭墓”假设。墓葬空间模式表明性别角色在儿童中已早期确立，但存在灵活性（如女婴葬于男性区）。扩展的亲缘关系（如远亲、教父母、收养关系等）可能比核心家庭更重要，尤其是在V?sterhus这样的农村社区。研究还发现，背景亲缘关系在社区组织（如墓地分区）中扮演重要角色，且与欧洲中世纪早期其他考古遗传学研究一致，但同时也显示出北欧早期基督教背景下的独特性：多人墓葬本身由家庭、扩展亲属群体或地方社区塑造，而非纯粹生物核心家庭。

研究结论部分可总结为：维京时代至中世纪早期瑞典的多人墓葬中，儿童与成人合葬并不反映紧密生物亲缘关系，而是基于性别认同和社会角色（如同性别空间模式）的实践；扩展的亲缘关系是社区组织的基础；性别角色在儿童早期即已建立，但存在灵活性；早期基督教规范（如性别分隔葬）在大部分情况下被遵循，但社区会根据实际情况（如未受洗婴儿）灵活调整。这些发现揭示了古代社会儿童待遇的复杂性，并强调了基因组学在解决考古学长期难题中的价值。