《Emerging Microbes & Infections》：Molecular evidence of neuroinvasive Sindbis virus infection in humans: detection in cerebrospinal fluid by next generation sequencing.
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辛德毕斯病毒（Sindbis virus, SINV）是一种由蚊子传播的甲病毒（alphavirus），在北欧、非洲和俄罗斯引起季节性暴发。人类神经系统受累的文献记载很少，且此前未曾报告过在脑脊液（cerebrospinal fluid, CSF）中检测到该病
辛德毕斯病毒（Sindbis virus, SINV）是一种由蚊子传播的甲病毒（alphavirus），在北欧、非洲和俄罗斯引起季节性暴发。人类神经系统受累的文献记载很少，且此前未曾报告过在脑脊液（cerebrospinal fluid, CSF）中检测到该病毒。本研究通过在2025年7月至8月意大利托斯卡纳东南部四名出现急性神经系统症状的本土患者的脑脊液中直接检测到SINV核糖核酸（RNA），首次提供了人类中枢神经系统（central nervous system, CNS）受累的明确证据。研究人员利用宏基因组二代测序（metagenomic Next Generation Sequencing, mNGS）重建了完整病毒基因组，有力支持了SINV与神经系统表现之间的因果关系。系统发育分析揭示了意大利复杂的流行病学景观，其特征是Clade D谱系共同循环。该研究结果从根本上扩展了SINV的临床谱，证明其不仅是致关节炎病原体，也是一种对人类具有神经侵袭性的威胁。这突显出在流行地区将SINV纳入病毒性中枢神经系统感染鉴别诊断的迫切需要，并强调了加强欧洲实验室监测的紧迫性。
**论文解读：神经侵袭性辛德毕斯病毒的人类感染分子证据——基于脑脊液的二代测序检测**
**研究背景与问题**
辛德毕斯病毒（Sindbis virus, SINV）是一种由库蚊（Culex spp.）传播的披膜病毒科（Togaviridae）正链核糖核酸（RNA）病毒，在非洲、欧洲和亚洲通过候鸟和嗜鸟蚊虫维持地方性传播循环。人类感染通常表现为发热、皮疹和持续性关节痛，在北欧（如芬兰的Pogosta病、瑞典的Ockelbo病）引起季节性暴发。然而，SINV对人类的神经系统侵袭性此前仅在动物模型中得到证实，在临床病例中从未在脑脊液（cerebrospinal fluid, CSF）中直接检出病毒RNA。意大利位于主要迁徙鸟类飞行路线上，已有血清学、昆虫学和兽医学证据表明SINV在蚊虫、鸟类和马匹中循环，但人类感染罕见诊断，遗传多样性也鲜有研究。2025年7月至8月，意大利托斯卡纳东南部出现四例伴有神经系统症状的本土病例，促使研究人员开展本研究，旨在通过分子手段明确SINV是否可侵犯人类中枢神经系统（central nervous system, CNS），并揭示其临床意义。这项研究发表在《Emerging Microbes》上，主要结论是SINV不仅是致关节炎病原体，更是对人类具有神经侵袭性威胁的病毒，需在流行地区将其纳入病毒性CNS感染的鉴别诊断，并加强欧洲实验室监测。
**主要技术方法**
研究人员从2025年7月至8月收治于意大利格罗塞托市Misericordia医院和阿雷佐市San Donato医院的四例急性神经系统症状（如下肢无力、眩晕、恶心、畏光等）患者的CSF样本出发，首先采用实时逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）排除已知神经侵袭性病原体（如单纯疱疹病毒1/2型、水痘-带状疱疹病毒、西尼罗病毒、Toscana病毒等），并对SINV的Nsp1基因进行特异性RT-qPCR检测。随后对所有CSF样本开展宏基因组二代测序（mNGS），利用Illumina平台进行文库构建和测序，通过Dragen软件分析获得病毒序列，重建完整病毒基因组（平均覆盖度99.95%，平均深度710×）。同时，基于重组SINV E2蛋白建立酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清特异性免疫球蛋白M（IgM）和免疫球蛋白G（IgG）。系统发育分析采用最大似然法（IQ-TREE 2），以GenBank中所有完整SINV编码序列为参照，构建系统发育树并分型。样本队列来源为上述两家医院收治的急性神经系统症状患者，均为意大利本土病例。
**研究结果**
**病例1（Case 1）**
51岁女性，有发热、严重头痛、意识混乱，无皮疹。CSF蛋白升高（745 mg/L），白细胞18/μL（单核细胞94.4%）。通过SINV特异性RT-qPCR和mNGS检测出SINV RNA，BLAST分析显示与俄罗斯株（MG679378.1）最相似。血清学检测（ELISA）显示3周后出现SINV IgM和IgG阳性。患者症状在支持治疗后改善。
**病例2（Case 2）**
58岁男性，有额眶部头痛、发热、乏力。CSF蛋白70 mg/dL，白细胞253/mm3（单核细胞90%）。初始病原体检测阴性后，SINV特异性RT-qPCR阳性，mNGS确认。BLAST分析显示与非洲株（OK644705.1）最相似。患者8天后好转出院。
**病例3（Case 3）**
36岁女性，伴头痛、发热、下肢无力、眩晕、恶心、畏光。CSF蛋白72 mg/dL，白细胞46/mm3（单核细胞95%）。CSF同时检出Toscana病毒和SINV RNA（RT-qPCR和mNGS确认），BLAST显示SINV与肯尼亚株（KY616985.1）最相似。脑磁共振成像（MRI）无异常，血清ELISA检测到SINV IgM和IgG阳性。7天后康复。
**病例4（Case 4）**
84岁女性，有意识混乱、精神运动迟缓、幻觉，无发热。CSF常规指标正常，但初始病原体检测均为阴性。回顾性检测发现CSF中SINV RNA阳性（RT-qPCR和mNGS），BLAST显示与肯尼亚株（KY616985.1）最相似。抗病毒治疗14天后神经功能恢复至基线水平。
**系统发育分析（Phylogenetic analysis）**
通过核苷酸水平最大似然法分析，所有四株意大利SINV序列均属于基因型1（genotype 1）Clade D，彼此间仅存在1个核苷酸差异（p距离=0.008%），无氨基酸差异（p距离=0%）。与最接近的参考株（肯尼亚株OM179803.1、俄罗斯株MG679378.1）相比，存在4~7个氨基酸替换（主要位于Nsp1/2、E1/2和6k蛋白）。系统发育树显示所有意大利株与肯尼亚、埃及、俄罗斯、亚美尼亚株聚为一紧密簇，缺乏明显的地理隔离，提示该谱系已长期广泛循环。值得注意的是，1975年意大利历史株位于该亚簇的基部，表明相似谱系已存在数十年。此外，格罗塞托株与阿雷佐株的微小差异反映了同一谱系内的遗传变异。这些结果确认SINV Clade D谱系在意大利共循环。
**讨论与结论**
讨论部分指出，SINV进入中枢神经系统的机制尚不完全明确，但动物模型显示经蚊虫叮咬后病毒在周围组织复制，通过血脑屏障（blood-brain barrier, BBB）的多种途径（如直接感染内皮细胞、细胞因子诱导通透性改变、受染白细胞的“特洛伊木马”迁移）进入CNS。在CNS内，SINV感染神经元并诱导caspase依赖性凋亡，同时免疫介导损伤（活化小胶质细胞、浸润T细胞、促炎细胞因子）也参与致病。本研究中，在四例患者的CSF中直接检测到SINV RNA并通过mNGS确认，提供了人类CNS侵袭的分子证据，但需谨慎解释：病毒RNA检测仅证明神经侵袭，不能直接证明SINV是神经系统表现的唯一原因。特别是病例3中SINV与Toscana病毒共检出，无法确定各自贡献。总体而言，该研究支持SINV可能与人类神经系统疾病相关的假设，并证明其侵犯CNS的能力。研究结果还显示，意大利株属于Clade D，与北欧经典致关节炎的Clade A不同，提示神经侵袭性可能是Clade D的谱系特异性特征，但需更大规模研究确认。结论部分翻译如下：综上所述，研究人员的观察结果支持SINV可能与人类神经系统疾病相关的假设，并提供了其侵犯中枢神经系统能力的证据。这一发现通过宏基因组二代测序（mNGS）得到进一步加强，mNGS可重建完整病毒基因组，有力支持SINV感染与神经系统表现之间的因果关系。除确认因果关系外，基因组数据还揭示了SINV在意大利循环的流行病学意义：所有意大利株与肯尼亚、埃及、俄罗斯、亚美尼亚株紧密聚簇，遗传差异有限，拓扑结构无明确地理分离，符合SINV缓慢进化速率（约5×10
-5 substitutions/site/year）的特点。1975年历史株位于基部，提示相似谱系已在意大利长期存在。研究显著扩展了SINV的已知临床谱，证明其不仅是致关节炎病原体——患者缺乏关节痛和皮疹等典型特征，而是真正的神经侵袭性威胁。因此，应将SINV纳入病毒性CNS感染的鉴别诊断，需进一步研究以阐明其致病作用和神经侵袭性疾病的真实负担。
