利用EZbakR揭示无义介导的mRNA降解的亚型分辨动力学特征

《Genome Biology》：Uncovering the isoform-resolution kinetic landscape of nonsense-mediated mRNA decay with EZbakR

　　

摘要

细胞内RNA的丰度反映了其合成与降解速率，而同一基因的不同转录本之间这些速率可能存在差异。要了解无义介导的mRNA降解以及其他RNA周转途径，就需要进行区分不同亚型的动力学测定，但现有的生物信息学工具无法准确估算各亚型特有的降解速率常数。我们扩展了EZbakR系列工具，能够从核苷酸编码型的RNA-seq数据中推断出亚型层面的动力学特征，发现含有提前终止密码子的转录本在无义介导的降解效率上存在意外差异，同时一些不含提前终止密码子的mRNA也会快速降解。我们的研究结果揭示了无义介导的降解与其他降解途径之间的竞争关系，并为那些有助于促进高效降解的转录本特征提供了机制上的见解。