瑞士发现的佛罗里达支系1型马流感病例的基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Genome sequence of a Florida Clade 1 case of equine influenza in Switzerland

　　

摘要

本文报告了在瑞士发现的马流感病毒（H3N8）A/Equus caballus/Zuerich/260760/2026的完整基因组序列。自2025年起，欧洲多国出现马流感病例增多，该病毒属于佛罗里达分支1型。

公告

马流感是一种具有高度传染性的马类急性呼吸道疾病，会导致发热、咳嗽以及运动能力下降。继发感染还可能引发支气管炎和/或支气管肺炎（1）。其致病因子为正粘病毒科中的甲型流感病毒，尤其是H3N8亚型。目前，大规模疫情主要由源自美洲分支的两个亚型引起，即佛罗里达分支1型（FC1）和佛罗里达分支2型（FC2）（2）。

在瑞士，马流感并非法定报告疾病。预防措施主要依靠自愿报告和疫苗接种（参加马术比赛的马匹需接种疫苗）。由于基因变异的可能性，监测工作对于确保疫苗的抗原有效性至关重要。

2026年2月，瑞士报告了10多年来首例马流感病例（https://www.equinella.ch/home/，访问日期为2026年5月15日）。这一情况与2025年以来欧洲多国出现的马流感疫情趋势一致（https://equinesurveillance.org，访问日期为2026年5月15日）。自最初发现该病例后，瑞士又报告了两例马流感病例，其中一例在本研究中对基因组进行了测序。

4月21日，一匹3岁、未接种疫苗的西班牙纯种公马在从西班牙进口3天后出现咳嗽和发热症状。初步超声检查显示肺部有实变现象。结合其旅行史，这些症状提示可能为运输热。为排除病毒感染，研究人员采集了鼻拭子，通过逆转录定量聚合酶链反应检测，发现该样本中存在马流感病毒，Ct值为23.4（3）。

使用德国Macherey-Nagel公司的NucleoMagVET提取试剂盒从鼻拭子中提取RNA。随后，根据Goraichuk等人的优化ONT方案进行互补DNA转化和扩增（4）。PCR产物通过德国Macherey-Nagel公司的NucleoSpin凝胶和PCR清洁试剂盒进行净化。DNA含量则采用美国Thermo Fisher Scientific公司的Qubit dsDNA高灵敏度检测试剂检测。最终，使用英国Oxford Nanopore Technologies公司的Rapid Sequencing Kit V14试剂盒制备扩增产物，并在Oxford Nanopore MinION Mk1C平台上，配合R10.4.1流式细胞仪进行测序。碱基调用则采用英国Oxford Nanopore Technologies公司的Dorado快速模型完成。

共有142,206个读段通过了碱基调用验证（N50值为924）。这些读段通过IRMA软件（v1.2.0，https://wonder.cdc.gov/amd/flu/irma/）的FLU-minion模块进行从头组装，最终得到了8条完整的流感病毒基因组序列。整体测序深度为4,736倍，其中核衣壳蛋白和血凝素的测序深度分别在1,148倍到7,708倍之间。质量控制和基因组注释则是通过针对流感病毒的自动化GenBank提交流程完成的。

A/Equus caballus/Zuerich/260760/2026病毒的HA基因段与FC1亚型高度相似，相似度达99.65%（见表1），而FC1亚型历史上与北美的马流感病例相关。因此，我们的研究结果与近期疫情研究表明的地理分布与病毒亚型关联逐渐弱化的趋势一致（5，6）。此外，该病毒的其它基因段与2025年在纽约发现的A/Percheron Horse/NY/25-024601-002-original/2025病毒株以及意大利最近发现的病毒株（A/equine/Puglia/MT944_2/2026，仅包含非聚合酶基因段）也具有高度相似性。

表1

表1 A/Equus caballus/Zuerich/260760/2026病毒的基因组特征^a

蛋白质	长度（核苷酸数）	GC含量（%）	读段数量	GenBank编号	基因组相似度（%）	最接近的基因组序列
聚合酶PB2	2,280	42.54	20,211	PZ397321	99.78	PX579503.1
聚合酶PB1	2,274	41.78	13,374	PZ397328	99.87	PX579504.1
聚合酶（PA）	2,151	40.59	14,405	PZ397325	99.86	PX579505.1
血凝素（HA）	1,695	40.00	32,191	PZ397322	99.65	PZ381563.1
核衣壳蛋白（NP）	1,497	45.22	2,885	PZ397324	99.93	PZ381567.1
神经氨酸酶（NA）	1,413	39.99	5,367	PZ397323	99.86	PZ381564.1
基质蛋白MP	982	47.35	11,214	PZ397327	100	PX579493.1
核输出蛋白（NS）	838	41.17	19,150	PZ397326	99.76	PX579510.1
基因组	13,130	42.06	118,797

^a

nt：核苷酸。