基于转录组学的分析，探讨培养基和细胞模型对肠道来源的B. pseudocatenulatum菌株功能的影响

《BMC Genomics》：Transcriptomics-based analysis to explore the effects of culture media and cell models on the function of B. pseudocatenulatum strains of intestinal origin

　　

摘要

背景

肠道微生物群通过调节代谢途径和免疫功能，在维持宿主健康方面起着关键作用。尽管其生物学重要性已被广泛认可，但针对肠道细菌功能特征的系统性研究仍然较少，尤其是在培养环境及宿主细胞模型选择对功能评估的影响方面。本研究聚焦于从健康人群粪便中分离出的一种Bifidobacterium pseudocatenulatum菌株，旨在探讨其在不同培养条件下产生的代谢物对多种宿主细胞模型中基因表达的调控作用。

结果

代谢组学分析显示，培养基的选择（BHI与GAM）会显著改变B. pseudocatenulatum的代谢特征。转录组数据表明，不同培养基诱导的代谢物会在同一宿主细胞系中引发截然不同的基因表达模式。此外，即使在相同的代谢物暴露条件下，四种细胞模型（MODE-K、NCM460、Henle-407和HEK-293T）也表现出高度差异化的、具有细胞系特异性的调控反应。

结论

这些研究结果强调了培养基成分和细胞模型选择对肠道共生菌功能研究结果的显著影响。这项研究不仅为优化微生物功能研究的实验设计提供了科学依据，也凸显了在微生物群研究中严格评估培养条件及模型适用性的必要性。