对单个平菇品系的深度测序显示其存在七种RNA病毒的混合感染

《BMC Genomics》：Deep sequencing of single Pleurotus ostreatus strain revealed mixed infection of seven RNA viruses

　　

摘要

背景

平菇作为一种全球广泛种植的食用菌，富含蛋白质、维生素、矿物质和氨基酸，营养价值极高。然而，在栽培过程中病毒感染会导致其品质和产量大幅下降。在我们的调查中，位于北京通州区的三堡厢农业科技园内的平菇出现了生长不良和子实体畸形的现象，但具体的致病病毒尚未明确。

结果

研究人员分离并纯化了菌丝体，进而对其进行了去除核糖体RNA后的总RNA深度测序。最终获得了118,973,697条高质量序列读段，这些读段被组装成了53,864个连续基因组片段。通过BLAST分析发现，大部分连续基因组片段源自平菇本身；但有几段与已知的真菌病毒具有高度相似的氨基酸序列。进一步通过RT-PCR技术进行全基因组测序，并快速扩增cDNA末端序列后，发现平菇感染了七种RNA病毒，这些病毒导致了观察到的症状：其中包括四种已被报道的病毒，即平菇球状病毒、平菇Deltaflexivirus 2、平菇Alpha样病毒和平菇Ambivirus 2，还有三种新发现的病毒，暂命名为平菇Deltaflexivirus 3、平菇Ambivirus 3和平菇Lentinuvirus 1。研究人员还对这些新病毒的序列特征、基因组结构以及它们与其他已知病毒的系统发育关系进行了分析。此外，还通过对不同地区分离出的不同菌株进行RT-PCR分析，研究了这些病毒的分布规律。

结论

本研究通过深度测序发现某平菇菌株同时感染了七种RNA病毒，并对其基因组进行了分析。这些发现有助于我们更深入地了解感染平菇的病毒多样性，也为研究病毒与宿主之间的相互作用以及开发病毒消除策略提供了重要依据。