《BMC Cancer》：Next-generation sequencing-based characterization of BRCA1/2 variants across multiple tumor types in Vietnamese patients
编辑推荐：
摘要背景BRCA1和BRCA2基因的突变在乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌及多种其他癌症的发病机制中起关键作用。识别这些突变对于选择适合靶向治疗的患者至关重要。在越南，关于BRCA1/2突变患病率和临床效用的大规模数据有限。研究人员旨在报告不同癌症类型中BRC
摘要背景BRCA1和BRCA2基因的突变在乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌及多种其他癌症的发病机制中起关键作用。识别这些突变对于选择适合靶向治疗的患者至关重要。在越南，关于BRCA1/2突变患病率和临床效用的大规模数据有限。研究人员旨在报告不同癌症类型中BRCA1/2突变的患病率，评估下一代测序（next-generation sequencing, NGS）在拷贝数变异检测中的有效性，并讨论这些发现的临床意义。方法共有1101例诊断为乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌或胰腺癌的越南患者在Vinmec接受了BRCA1/2突变检测。该检测使用了AmoyDx BRCA-PRO KIT和Illumina NextSeq 550 NGS平台。拷贝数变异仅通过NGS在血液来源的DNA样本中检测，并通过MLPA系统确认。结果在1101例未经选择的乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌或胰腺癌患者中，在158例（14.35%）中鉴定出致病性BRCA1/2变异，包括57/158例卵巢癌、78/158例三阴性乳腺癌、16/158例前列腺癌、4/158例胰腺癌和3/158例HR阳性乳腺癌。突变负担在卵巢癌和三阴性乳腺癌（TNBC）中最高，其中BRCA1变异占主导地位（卵巢癌中40/57为BRCA1对比17/57为BRCA2；TNBC中57/78为BRCA1对比21/78为BRCA2）。几个BRCA1截短变异（c.4997dup、c.5251C?>?T、c.5335del）和复发性BRCA2功能丧失变异在三阴性乳腺癌（TNBC）中富集，且在卵巢癌、前列腺癌和胰腺癌中也观察到额外病例。值得注意的是，研究人员在系列中观察到两个杂合拷贝数缺失：BRCA1外显子2缺失（三例TNBC和一例卵巢癌）和BRCA2外显子22–23缺失（一例TNBC和一例前列腺癌）。结论本研究提供了越南首批基于下一代测序的BRCA1/2大规模数据集之一，表明存在相当比例的同源重组缺陷肿瘤，且对PARP抑制剂和铂类化疗具有潜在敏感性。这些发现强调了基于NGS的BRCA1/2基因分型在多种肿瘤类型中用于治疗决策和遗传风险评估的临床效用，并突出了需要进一步研究长期临床结局的必要性。
**论文解读：基于下一代测序的越南患者多种肿瘤类型中BRCA1/2变异特征分析**
**研究背景与问题**
BRCA1和BRCA2是关键的肿瘤抑制基因，通过同源重组修复（homologous recombination repair, HRR）通路维持基因组稳定性。其功能丧失性突变会破坏DNA修复机制，导致基因组不稳定性增加并促进癌变。BRCA1/2胚系突变是遗传性乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和胰腺癌等的最明确遗传风险因素之一。此外，体细胞BRCA1/2突变及其他形式的同源重组缺陷（homologous recombination deficiency, HRD）也越来越多地在散发性肿瘤中被识别，并赋予肿瘤对PARP抑制剂和铂类化疗的敏感性。因此，BRCA1/2状态的检测对于靶向治疗（如PARP抑制剂）的选择、遗传风险评估和家族管理至关重要。
尽管BRCA1/2突变在全球范围内广受关注，但越南人群中的大规模患病率和突变谱数据极为有限。现有研究多来自西方国家或东亚人群（如中国、日本、韩国），显示了显著的种族和地理异质性。在越南，已发表的BRCA1/2检测报告局限于小样本或单中心经验，且很少包含跨多种癌症类型的综合分析。同时，下一代测序（next-generation sequencing, NGS）等先进分子诊断技术仅在近期才在越南临床环境中逐渐普及。因此，缺乏反映越南患者BRCA1和BRCA2基因突变景观的大规模数据，这阻碍了有效遗传咨询、风险分层以及识别可能从靶向治疗中获益的患者。
**研究目的与结论**
本研究旨在报告越南不同癌症类型中BRCA1/2突变的患病率，评估NGS在拷贝数变异（copy-number variant, CNV）检测中的有效性，并讨论其临床意义。研究结论指出，在越南患者中，BRCA1/2致病性变异总体患病率为14.35%，其中卵巢癌（22.8%）和三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer, TNBC）（14.2%）最高，且BRCA1变异占主导。研究中发现了多个复发性截短变异和大片段基因组重排，尤其是BRCA1外显子2缺失和BRCA2外显子22–23缺失。这些发现表明，基于NGS的BRCA1/2基因分型在治疗决策和遗传风险评估中具有重要临床效用，并提示存在大量对PARP抑制剂和铂类化疗具有潜在敏感性的HRD肿瘤。该论文发表在《BMC Cancer》。
**主要关键技术方法**
本研究为回顾性队列研究，样本来自越南Vinmec医疗系统及合作国家肿瘤医院。共纳入1101例确诊为乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌或胰腺癌的越南患者。主要技术方法包括：使用AmoyDx BRCA-PRO KIT进行基因组DNA文库制备，随后在Illumina NextSeq 550平台上进行NGS测序。对血液来源的DNA样本，通过NGS检测拷贝数变异，并采用多重连接依赖性探针扩增（multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA）进行系统验证。变异分类依据美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）指南。数据分析使用本地ANDAS服务器进行生物信息学处理，统计软件为RStudio。
**研究结果**
**患者特征**
通过分析1101例患者的临床数据，发现TNBC占近半数（49.8%，n=548），卵巢癌占22.7%（n=250），前列腺癌占15.7%（n=173），胰腺癌占8.0%（n=88）。年龄分布显示TNBC集中在31–70岁，卵巢癌和胰腺癌在51–70岁达到高峰，前列腺癌多见于70岁以上。
**BRCA突变率按癌症类型**
在1101例患者中，158例（14.4%）携带致病性或可能致病性变异。卵巢癌突变率最高（22.8%，57/250），TNBC为14.2%（78/548），HR阳性/HER2阴性乳腺癌为10%（3/30），前列腺癌为9.2%（16/173），胰腺癌最低（4.5%，4/88）。HR阳性/HER2阳性乳腺癌中未检出致病性变异（0/6）。
**按标本类型的BRCA1/2突变患病率**
在卵巢癌中，血液标本突变率为19.1%（17/89），FFPE标本为24.8%（40/161）。前列腺癌中，血液和FFPE标本突变率几乎相同（9.2% vs 9.3%）。TNBC血液标本突变率为14.2%（78/548），HR阳性/HER2阴性乳腺癌为10.0%（3/30），胰腺癌为3.6%（3/84）。
**不同癌症类型的变异后果**
通过分析变异类型分布，发现截短变异（包括移码缺失和无义变异）是主要后果。TNBC和卵巢癌变异负担最高，分别有60例和49例。卵巢癌中常见移码缺失（n=24）和无义变异（n=22），TNBC中无义变异（n=29）和移码缺失（n=21）为主。胰腺癌和前列腺癌变异较少。拷贝数缺失主要见于TNBC。
**研究队列中最常见的变异**
通过统计变异频率，发现复发性功能丧失变异占主导。BRCA1常见变异包括无义变异c.4997dup p.(Tyr1666Ter)（15例）、c.5251C>T p.(Arg1751Ter)（15例）和移码变异c.5335del p.(Gln1779AsnfsTer14)（7例）。BRCA2常见变异包括移码变异c.4478_4481del p.(Glu1493ValfsTer10)（5例）和无义变异c.7558C>T p.(Arg2520Ter)（4例）。此外，还观察到复发性拷贝数缺失：BRCA1外显子2缺失（4例）和BRCA2外显子22–23缺失（2例）。
**最常见BRCA1/2变异按癌症类型的临床意义**
通过分析变异分布，发现BRCA1截短变异（c.4997dup、c.5251C>T、c.5335del）主要见于TNBC，也见于卵巢癌和胰腺癌。BRCA2功能丧失变异和大片段缺失在TNBC中富集，也见于前列腺癌和卵巢癌。BRCA1错义变异c.5089T>C p.(Cys1697Arg)在TNBC和卵巢癌中出现，强调了不确定意义变异分类的重要性。
**BRCA2大片段基因组重排**
通过MLPA验证，确认了复发性BRCA1外显子2缺失（4例：3例TNBC，1例卵巢癌）和BRCA2外显子22–23缺失（2例：1例TNBC，1例前列腺癌）。其他罕见重排包括BRCA2外显子1–2缺失、BRCA2外显子25–27缺失、BRCA1外显子2–3缺失和BRCA1外显子21–23重复，均见于TNBC。
**讨论与结论总结**
讨论部分比较了与其他研究的一致性，指出本研究的总体突变率（14.4%）与既往报道的10–15%相符，但显著高于2011年越南研究（0.8%），原因在于后者仅关注特定创始人突变。与Tran Huy Thinh等（2022年）报道的36.4%相比，本研究更保守，可能因样本量和纳入标准不同。在TNBC中，BRCA1突变占主导，与BRCA1缺失与基底样表型的生物学关联一致。卵巢癌中BRCA1突变也占多数，与高分级浆液性卵巢癌的已知流行病学一致。前列腺癌中BRCA2突变占优势，与侵袭性特征相关。胰腺癌突变率处于4–7%范围内。大片段重排，尤其是BRCA1外显子2缺失和BRCA2外显子22–23缺失，是临床可操作的种系变异，强调了综合拷贝数分析的重要性。
研究结论翻译：本研究突显了在真实世界、多肿瘤队列中BRCA1/2基因变异的显著异质性和复杂性。在不同癌症类型和标本来源中，研究人员观察到广泛的变异类别——包括截短单核苷酸变异、移码和剪接破坏改变、框内插入缺失以及拷贝数改变——常在同一基因或患者内共存。在这一多样化的景观中，由MLPA确认并在三阴性乳腺癌和前列腺癌中均鉴定的复发性种系BRCA2外显子22–23缺失，是一个明确可操作的结构变异。其在血液来源DNA中的检出强调了种系检测大片段基因组重排的重要性，而其跨肿瘤复发性表明该致病性BRCA2重排与研究人员人群中的多种癌症背景相关。总体而言，研究人员的发现表明，整合高质量CNV检测、正交验证以及异质性变异类型的背景特异性解释，对于细化风险评估、优化PARP抑制剂和铂类治疗的使用，以及指导BRCA相关恶性肿瘤的遗传咨询和级联检测至关重要。
