多组学分析表明RPLP0可能是透明细胞肾细胞癌预后及对免疫疗法反应的潜在生物标志物

《BMC Cancer》：Multi-omics profiling highlights RPLP0 as a potential biomarker for prognosis and response to immunotherapy in clear cell renal cell carcinoma

　　

摘要

背景

透明细胞肾细胞癌具有肿瘤内异质性及复杂的免疫微环境，这些因素会促进疾病进展并导致治疗抵抗。尽管核糖体蛋白与肿瘤生物学有关，但核糖体蛋白侧枝亚基P0在透明细胞肾细胞癌中的临床意义、对微环境的影响以及其生物学作用仍不清楚。

方法

我们通过整合批量转录组学（TCGA、GEO、ICGC、ArrayExpress）、蛋白质组学（CPTAC、HPA）、单细胞RNA测序以及空间转录组学技术，全面研究了RPLP0在透明细胞肾细胞癌中的表达情况、预后价值、免疫学意义及其空间分布。我们利用临床组织（qRT-PCR、免疫荧光）和透明细胞肾细胞癌细胞系，通过实验验证了RPLP0的生物学功能。在通过siRNA敲低RPLP0后，使用CCK-8、伤口愈合试验和Transwell试验检测细胞的增殖、迁移和侵袭能力，同时通过Western blot检测上皮-间质转化相关标志物。

结果

RPLP0在正常组织中普遍存在，但在透明细胞肾细胞癌中，其mRNA和蛋白质水平均显著升高，这一现象在临床样本和细胞系中也得到了验证。高水平的RPLP0表达与肿瘤分期更晚、发生转移以及较差的临床预后相关，且被确定为独立的预后因子。功能富集分析显示，RPLP0与核糖体相关过程、DNA损伤反应、细胞周期调控以及上皮-间质转化密切相关。免疫分析表明，RPLP0表达升高与M2型巨噬细胞相关，同时还会使免疫检查点基因和抗原呈递相关基因的表达增加。单细胞和空间转录组学分析显示，RPLP0在恶性细胞区域有较高的表达浓度，而空间转录组学进一步证实了其与巨噬细胞之间存在正相关关系。基于pRRophetic预测的药物敏感性分析显示，RPLP0高表达的肿瘤对多种靶向疗法的IC50值较高，这表明RPLP0表达升高可能与药物敏感性降低有关。从机制上来看，体外敲低RPLP0可显著抑制透明细胞肾细胞癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力，还能通过下调间质标志物并上调上皮标志物来逆转上皮-间质转化过程。

结论

这些研究结果表明，RPLP0在透明细胞肾细胞癌中异常升高，可通过促进上皮-间质转化来推动肿瘤的进展、迁移和侵袭。此外，由于RPLP0与免疫激活及空间异质性密切相关，它有望成为一种有效的预后生物标志物，同时也能调节肿瘤与微环境之间的相互作用。