濒危植物越峰杜鹃的端粒对端粒基因组测序

《Scientific Data》：A telomere-to-telomere genome assembly of the threatened plant Rhododendron yuefengense

　　

摘要

杜鹃属是一类著名的观赏植物，其中包含许多稀有和濒危物种。保护这些稀有濒危植物的工作正日益受到重视。全基因组测序为深入理解保护生物学中的关键问题以及开展精准的保护工作提供了可能。Rhododendron yuefengense作为一种具有极高观赏价值且处于极度濒危状态的特有物种，是保护工作的重点对象。在本研究中，我们利用PacBio HiFi、ONT超长序列以及Hi-C数据，完成了R. yuefengense的近乎端到端的基因组组装，使其成为杜鹃属中首个完成全基因组组装的物种。该物种的基因组大小为637.95兆字节，N50值为50.16兆字节，仅有四个缺口。所有637.95兆字节的基因组数据都锚定在13条假染色体上，BUSCO完整性为98.27%。重复序列占整个基因组组装量的53.67%，其中37.79%为长末端重复转座子。我们预测出了49,250个蛋白质编码基因，并对其中的42,646个进行了功能注释。此外还进行了比较基因组分析，为未来的研究提供了全面的参考依据。