一种与Rho GTP酶相关的基因特征可预测肺癌腺癌的预后，并揭示其存在免疫抑制微环境：基于批量及单细胞RNA测序数据的综合分析

《Scientific Reports》：A Rho GTPase-related gene signature predicts prognosis and reveals an immunosuppressive microenvironment in lung adenocarcinoma: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data

　　

摘要

肺腺癌是一种具有高度异质性且临床预后差异较大的恶性肿瘤。RhoGTP酶在癌症进展中起着关键作用，但它们对肺腺癌预后的具体影响目前尚不完全清楚。本研究旨在构建并验证基于RhoGTP酶的肺腺癌预后预测模型，同时探讨其生物学意义。研究从公共数据库中获取了转录组数据和单细胞RNA测序数据。通过将差异表达基因与733个与RhoGTP酶相关的基因进行交集分析，筛选出候选基因。随后通过单变量Cox回归分析和最小绝对值收缩和选择算法来选择具有预后意义的基因，并构建并验证了相应的预后模型。此外，还进行了功能富集分析、免疫浸润分析以及药物敏感性分析。通过单细胞RNA测序分析，确定了关键的细胞群体，并研究了这些预后基因的动态表达情况。最终共识别出5,420个差异表达基因，与RhoGTP酶相关基因集交集后得到233个候选基因，其中CCT6A、PLK1、DSG2和PCDH7被确定为具有预后意义的基因。该风险模型能够有效将患者分为高风险组和低风险组，两组患者的总生存率存在显著差异，该风险评分可作为独立的预后指标。功能富集分析显示，高风险组与细胞周期相关通路有关，而低风险组则主要与免疫相关通路相关，高风险组的微环境更具免疫抑制特性。药物敏感性分析表明，高风险组患者可能对多拉马皮莫德等特定药物有反应。单细胞RNA测序分析显示上皮细胞是研究的主要细胞类型。伪时间分析揭示出一种发育轨迹，其中CCT6A、DSG2和PCDH7与晚期、分化程度较高的上皮细胞状态相关。基于这四个与RhoGTP酶相关的预后基因，构建了一个可靠的预后模型，可有效对肺腺癌患者进行分类。该模型有助于深入了解肺腺癌的异质性，为制定个性化治疗策略提供依据。