《Genes》：From Old to Bold: Advancing microRNA Studies in Sudden Cardiac Death Through Molecular Analysis of FFPE Heart Tissue
编辑推荐：
背景/目的：心源性猝死（SCD）是一种心脏源性的自然死亡，全球每年估计导致600-900万例死亡，构成重大公共卫生挑战。尽管具有临床和法医学意义，但SCD的分子研究仍然有限。外周血或新鲜组织是尸检基因检测的首选标本，但并不总是可用，而从福尔马林固定石蜡包埋（F
背景/目的：心源性猝死（SCD）是一种心脏源性的自然死亡，全球每年估计导致600-900万例死亡，构成重大公共卫生挑战。尽管具有临床和法医学意义，但SCD的分子研究仍然有限。外周血或新鲜组织是尸检基因检测的首选标本，但并不总是可用，而从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中提取的DNA通常不适合常规遗传分析。本综述评估了存档的FFPE心脏组织作为分子解剖中microRNA（miRNA）分析来源的潜力。方法：通过收集研究SCD相关FFPE心脏组织中miRNA表达的研究进行叙述性综述。十项研究符合纳入标准并进行了批判性分析。结果：尽管现有证据有限，但最近的研究已鉴定出几种与SCD相关的心脏疾病中差异表达的miRNA。由于其小尺寸和显著的稳定性，miRNA在固定和长期储存后仍可在FFPE组织中检测到，使其成为有吸引力的分子生物标志物。虽然大多数可用研究是在临床而非法医学环境中进行的，但它们证明了在存档的FFPE心脏标本中进行miRNA谱分析的可行性和分析稳健性。结论：本综述强调了重新考虑存档的FFPE组织的重要性，不仅将其视为历史或形态学资源，而且将其视为SCD分子解剖的有前景的基质，支持新型分子生物标志物的鉴定和验证。
1. 引言：心源性猝死（SCD）定义为心脏原因引起的自然死亡，全球每年约600-900万例，占所有死亡的10-15%。分子解剖（molecular autopsy）即尸检后基因检测，可在常规尸检阴性时辅助鉴定病因，但最优标本（外周血或新鲜组织）常不可得。福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织虽广泛收集，但DNA提取质量差，易产生测序假象。microRNA（miRNA）因其小尺寸（20-22 nt）和高度稳定性，在FFPE中仍可检测，成为替代生物标志物。本综述旨在强调miRNA在SCD分子分析中的潜力，特别是利用FFPE心脏组织时的优势。
2. 文献检索与研究选择：通过PubMed和Scopus数据库，结合关键词“FFPE”、“heart”、“miRNA”等进行检索，纳入10项符合标准的原创研究，涵盖miRNA稳定性、心脏病理及SCD相关表达谱。
3. FFPE组织中miRNA的稳定性：早期研究（Li, 2007）通过qRT-PCR比较冻存、冻融与FFPE样本，发现miRNA回收率相似。Peiro-Chova等（2013）进一步证实miRNA在FFPE中高度稳定，FFPE样本的Ct值甚至更低，可能与提取时短RNA优先回收有关。Kakimoto等（2015, 2016）发现高GC%的miRNA在FFPE中更稳定，降解主要发生在3'端，且心脏组织在尸检后（PMI）降解较慢。Mucciaccia等（2015）研究不同器官FFPE的RNA降解，心脏组织miRNA（如miR-21）即使在腐化样本中仍可检测。Boisen等（2014）显示固定2-6天使miRNA表达降低30-65%，但冻存与FFPE的表达谱高度相关。Bovell等（2014）和Peskoe等（2017）证明FFPE样本储存超过20年后miRNA仍稳定，但块龄是影响稳定性的主要因素。
4. 心脏FFPE组织样本中的miRNA分子分析：Bo?tjan?i?等（2012）首次在FFPE心脏组织中分析miRNA，使用微阵列和qPCR鉴定43个差异表达miRNA，其中4个为独特差异。Courts等（2015）研究婴儿猝死综合征（SIDS）心脏FFPE，发现miR-1显著上调，miR-133a无差异。Mucciaccia等（2015）在心脏FFPE中检测到miR-21，且腐化心脏组织表达最高。Kakimoto等（2015）建立AMI生物标志物miR-1、miR-133a、miR-208b、miR-499a-5p，miR-208b在固定时间延长时最稳定，miR-191和miR-26b为最佳内参。Kakimoto等（2016）深度测序显示FFPE中miRNA读长较短（11 nt vs 22 nt），GC%影响稳定性，miR-133a-3p在FFPE中占主导。Di Francesco等（2017）在心脏移植活检FFPE中应用NGS，验证miRNA表达谱。Li等（2021）在CAD-SCD病例中发现miR-126-5p和miR-499a-5p下调，联合诊断性能良好。Koussa等（2021）在BPD婴儿FFPE心脏和肺组织中鉴定出多个上调miRNA（如miR-378b、miR-184）。Mildeberger等（2022）发现miR-1、miR-133a、miR-26a在SCD心脏FFPE中上调，miR-26a差异显著。Lehto等（2023）首次在脓毒症心脏FFPE中进行NGS，鉴定出32个差异表达miRNA，其中miR-12136、miR-146b-5p、miR-451a等与炎症和心血管病理相关。
5. FFPE组织中内参基因验证的挑战：miRNA定量分析中内参基因的选择至关重要。现有研究使用U6 snRNA、U18、U47、RNU6B、miR-191、miR-26b等，但缺乏标准化。内参基因在尸检后（PMI）和固定过程中可能降解，导致归一化偏差。Kakimoto等（2015）建议miR-191和miR-26b为心脏FFPE中最可靠的内参，因其不受PMI和固定影响。未来研究需系统验证候选内参基因。
6. 影响FFPE心脏组织中miRNA稳定性的前分析因素：当前局限性：方法学标准化缺失，包括固定时间（24小时至数周）、石蜡块年龄、提取协议（如去蜡步骤使用二甲苯或免二甲苯方法）差异巨大。临床FFPE标本（如活检）处理规范，而法医尸检样本受PMI、组织自溶、微生物活动、未控温保存等影响，miRNA降解动力学不同。固定前阶段是RNA完整性丧失的关键期，固定后miRNA虽稳定，但前分析变量（如PMI、缺血缺氧）可能改变表达谱。因此，需建立模型区分尸检效应与真实生物学变化。
7. 结论：SCD病因多样，分子解剖依赖高质量DNA。FFPE组织虽广泛可用但DNA质量差，miRNA因其稳定性成为理想替代。本综述表明miRNA在FFPE心脏组织中可可靠分析，但现有研究多基于临床样本，缺乏法医直接验证。未来需针对法医队列设计研究，以验证这些生物标志物在真实尸检条件下的诊断价值。
