通过SBCP直接高效地分离染色质，可实现更出色的植物蛋白质组学与表观基因组学分析

《Plant Cell Reports》：Direct and high-yield chromatin isolation by SBCP unlocks superior plant proteomics and epigenomic profiling

　　

摘要

核心要点

新型SBCP染色质沉淀技术无需进行细胞核分离，即可获取大量完整的染色质蛋白，从而提升多种植物中的ChIP实验效果。

摘要

在植物分子生物学研究中，染色质分离一直是一个重要的技术瓶颈，常常影响对基因组调控机制的研究。我们提出了SBCP（盐基染色质沉淀法），该方法利用染色质在盐溶液中的不同溶解度特性，直接分离出天然染色质，从而无需先进行细胞核纯化。与依赖细胞核分离的传统方法相比，SBCP的产量更高（杨树中高出3.4倍，拟南芥中高出2.4倍），基因组DNA的纯度也更好，同时还能将叶绿体污染降低63–73%。该技术能够有效富集真正的染色质相关蛋白，在杨树中就检测到了1477种此类蛋白，远高于传统细胞核分离方法得到的967种核蛋白。在相同的样本和反应条件下，它还能提升常规免疫沉淀的效率，有助于进行更可靠的共免疫沉淀实验。通过对组蛋白修饰（H3K4me3、H3K27me3、H3K9me2）的ChIP-seq分析发现，SBCP能更好地保留染色质的天然结构，从而获得更高的信噪比、更灵敏的峰检测能力，并且具有广泛的跨物种应用性。重要的是，使用相同起始材料时，SBCP在桦树中的染色质免疫沉淀效率提升了5.2倍，在杨树中提升了4.3倍，在拟南芥中提升了3.3倍。通过将高效率、高纯度和稳定性整合到简化的操作流程中，SBCP为表观遗传学、转录调控以及蛋白质与DNA相互作用方面的深入研究提供了强大而灵活的研究平台。