一种具有历史意义的美国面包小麦品种Timstein的参考级染色体级基因组组装序列

《Scientific Data》：A reference-grade chromosome-level genome assembly of a historically important U.S. bread wheat cultivar Timstein

　　

摘要

我们利用PacBio HiFi长读长测序数据并结合Hi-C技术，完成了具有历史重要意义的春小麦品种Timstein的高质量基因组组装，其端粒到端粒的覆盖度接近100%。该基因组大小为14.76Gb，涵盖了A、B和D亚基因组的全部21条染色体。基因注释结果显示有约105K个高可信度基因模型。该基因组中约85%为转座元素，主要来自Gypsy、Copia和CACTA家族。对于每个亚基因组而言，BUSCO完整性评分在97.4%到99.6%之间，LTR组装指数超过13，表明其组装质量达到参考级标准。通过与IWGSC Chinese Spring（CS）RefSeq v2.1版本的染色体同线性分析，发现这两个基因组之间存在较强的染色体共线性。Timstein在经典遗传学研究中已被广泛用于研究其对茎叶锈病和Septoria nodorum斑病的抗性/易感性。这一高质量的基因组组装为该品种提供了详细的参考信息，有助于扩展小麦泛基因组，支持结构和功能基因组学研究，并能够精确定位与疾病抗性/易感性相关的基因位点，从而应用于小麦的遗传育种工作。