元转录组学揭示中国大城市中城市化导致的啮齿动物病毒组及人畜共患疾病风险的差异

《Communications Biology》：Metatranscriptomics reveals urbanization-driven divergence in rodent viromes and zoonotic risks in Chinese megacities

　　

摘要

宏基因组测序技术提升了我们对野生动物相关病毒的认识，也有助于识别潜在的人畜共通病原体。然而，大多数研究仍局限于特定地区，很少有针对城市化程度不同区域病毒组构成的系统比较。为填补这一空白，我们在中国两个气候各异、人口密集的大城市——武汉和深圳进行了大规模采样。我们收集了1,072只与人类频繁接触的四种啮齿类动物，以此分析城市环境中啮齿类动物直肠病毒组的动态变化及人畜共通病风险。我们共发现了35种与脊椎动物相关的病毒，其中9种可能是新发现的物种，包括诺如病毒和正皮科比尔纳病毒属的病毒；另有3种具有引发人畜共通病的潜力，即首尔正汉坦病毒和人类冠状病毒OC43。我们还发现了两种此前在啮齿类动物中未被报道的病毒：首尔刺猬正汉坦病毒和犬星状病毒，这表明存在跨目传播的风险。此外，还检测出了22种高风险病毒，武汉和深圳的病毒流行模式存在差异。我们的分析表明，城市间的直肠病毒组差异受气象因素影响，这些因素可独立解释病毒群落构成5.0%的变异。研究结果强调了空间距离在决定啮齿类动物传播病毒的分布和传播途径方面的作用。这些发现对于在高密度城市环境中主动监测和应对新出现的人畜共通病威胁至关重要。