《Journal of Fungi》：Three New Species of Pyrenula (Ascomycota, Pyrenulales, Pyrenulaceae) from China
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地衣化真菌属Pyrenula Ach.是热带和亚热带地区最常见的壳状地衣类群之一，但该属在中国的研究很少。基于整合分类学方法，包括形态学、化学特征和三基因座系统发育分析，研究人员在中国南方发现了三个Pyrenula新种。Pyrenula falcatispor
地衣化真菌属Pyrenula Ach.是热带和亚热带地区最常见的壳状地衣类群之一，但该属在中国的研究很少。基于整合分类学方法，包括形态学、化学特征和三基因座系统发育分析，研究人员在中国南方发现了三个Pyrenula新种。Pyrenula falcatispora sp. nov.的特征是多隔（7–9隔）、镰刀形子囊孢子，末端尖，存在假壳点（pseudocyphellae）；Pyrenula rectiloculata sp. nov.的特征是长纺锤形子囊孢子（5–7(–8)隔），末端尖，胞腔矩形，无假壳点，以及有油滴的囊间组织（inspersed hamathecium）；Pyrenula jinghongensis sp. nov.的独特之处在于具有2孢子的子囊（asci），大型砖格状子囊孢子（muriform ascospores），有14–19个横隔。系统发育分析（phylogenetic analyses）证实这三个种在该属内形成独立谱系。提供了详细的描述、图示以及与形态相似类群的比较。值得注意的是，子囊孢子长度超过宽度四倍或具有2孢子子囊的类群在Pyrenula属内不常见。这是在中国首次报道横隔Pyrenula类群具有长度超过宽度四倍的子囊孢子。同时，提供了中国报道的Pyrenula物种检索表（key）。
Pyrenula属是子囊菌门（Ascomycota）核衣目（Pyrenulales）核衣科（Pyrenulaceae）下的一个地衣化真菌属，主要分布于热带和亚热带地区，但在中国的研究基础薄弱，已报道物种仅54种。该属存在广泛的表型可塑性和隐存多样性，单纯依赖形态学特征进行物种界定常不可靠。为填补中国Pyrenula属分类学空白，研究人员采用整合分类学方法，基于形态学、化学特征和三基因座（ITS、nuLSU、mtSSU）系统发育分析，对中国南方（浙江、云南、海南）采集的标本进行研究，发现并描述了三个新种：Pyrenula falcatispora、Pyrenula rectiloculata和Pyrenula jinghongensis。系统发育分析证实这三个新种均形成独立谱系，其中两个新种（P. falcatispora和P. rectiloculata）的子囊孢子长度超过宽度四倍，另一个新种（P. jinghongensis）具有2孢子子囊，这些特征在Pyrenula属内较为罕见。该研究还提供了中国Pyrenula物种的检索表，为后续分类研究奠定了基础。论文发表在《Journal of Fungi》。
主要关键技术方法：
（1）形态学观察：使用Olympus SZX16解剖镜和Olympus BX53研究显微镜（配备Olympus DP74数码相机）观察并记录宏观和微观形态特征，所有测量在成熟子囊果的水制片上进行。
（2）化学检测：通过颜色反应（10% KOH、饱和NaClO、对苯二胺乙醇溶液）和薄层色谱法（TLC，溶剂C）鉴定地衣次生代谢产物。
（3）分子系统发育分析：提取子囊果基因组DNA，PCR扩增三个分子标记——内转录间隔区（ITS，引物ITS1F/ITS4）、核大亚基核糖体RNA基因（nuLSU，引物AL2R/LR6）和线粒体小亚基核糖体RNA基因（mtSSU，引物mtSSU1/mtSSU3R）。序列经MAFFT比对、AlignmentFilter掩蔽和degap处理后，分别进行最大似然（ML，RAxML）和贝叶斯推断（BI，MrBayes）分析，基于三个基因联合矩阵（2363个字符）构建系统发育树。样本来源于浙江、云南和海南，凭证标本存放于聊城大学农学与生物学院真菌标本馆（LCUF）。
研究结果：
3.1. 系统发育结果（Phylogenetic Results）
基于319条DNA序列（包括本研究新产生的10条ITS、11条mtSSU和10条nuLSU序列）的三基因座联合系统发育树显示，三个新种的标本各自形成独立且高支持度（后验概率PP=1，自展值BS=100）的进化枝。P. falcatispora和P. jinghongensis位于Group 1，P. rectiloculata位于Group 2，与假壳点存在与否的形态特征一致。
3.2. 分类学（Taxonomy）
- Pyrenula falcatispora X. Li & M.Z. Dou, sp. nov.：特征为多隔（7–9隔）镰刀形子囊孢子，末端尖，具有假壳点；子囊8孢子，子囊孢子（45–）49–56（–62）×（4.5–）5–6（–6.5）μm；地衣体K-、C-、KC-、UV-，TLC未检测到物质。与相似种P. tokyoensis的区别在于子囊孢子较小、隔数较少。
- Pyrenula rectiloculata X. Li & M.Z. Dou, sp. nov.：特征为长纺锤形子囊孢子（5–7(–8)隔），胞腔多数矩形，无假壳点，囊间组织有油滴；子囊孢子（39–）41.5–53（–61）×（3–）4–6（–7.5）μm；地衣体化学检测阴性。与相似种P. moniliformis的区别在于子囊孢子大小和胞腔形状。
- Pyrenula jinghongensis X. Li & M.Z. Dou, sp. nov.：特征为2孢子子囊，大型砖格状子囊孢子，具14–19个横隔和1–6个纵隔，囊间组织有大量油滴；子囊孢子（111–）144–191（–209）×（28–）33–42（–46）μm，周围有胶质鞘；地衣体具假壳点，化学检测阴性。与相似种P. globifera的区别在于子囊果更大、隔数更多。
3.3. 中国报道的Pyrenula物种检索表（Key to the Species of Pyrenula Reported in China）
提供了基于子囊孢子类型（砖格状 vs. 仅横隔）的两套检索表，涵盖中国已报道的Pyrenula物种，包括新种。
讨论部分总结：
Pyrenula属存在广泛的表型可塑性和隐存多样性，仅靠形态学特征难以可靠界定物种，因此整合分类学方法对于该属的物种鉴定不可或缺。本研究通过整合分类学方法发现并描述了三个新种，其中两个新种（P. falcatispora和P. rectiloculata）的子囊孢子长度超过宽度四倍，另一个新种（P. jinghongensis）具有2孢子子囊，这些特征在Pyrenula属内较为罕见。全球已知约260种Pyrenula中，仅分别有17种和9种具上述特征。这些新种在中国被发现，表明中国Pyrenula属具有丰富的物种多样性，需要进一步开展分类学研究。基于ITS、nuLSU和mtSSU的系统发育结果揭示，一些形态学定义的物种（如P. mamillana、P. quassiicola、P. rubrostigma）是多系群，包含多个物种复合体和隐存种，表明该组的分类标准需要修订。此外，部分分支存在基因树不一致性，未来研究应综合运用DNA条形码、RAD-seq、目标捕获数据、多基因溯祖系统发育分析以及网状进化分析等方法，以进一步厘清该属的系统发育关系。
研究结论：
（1）基于形态学、化学特征和三基因座系统发育分析，在中国南方发现了三个Pyrenula新种；系统发育分析证实它们为独立谱系。
（2）P. falcatispora和P. rectiloculata的子囊孢子长度超过宽度四倍，P. jinghongensis具有2孢子子囊，这些特征在Pyrenula属内不常见，其中前者为中国首次报道。
（3）提供了中国Pyrenula物种的检索表，为中国Pyrenula属的分类多样性提供了新资料，并提示该属需进一步分类修订。
