摘要
祖先状态重建（ASR）以及相关的特征映射（CM）方法越来越受到重视，这些方法认为可以通过将表型特征映射到为解释序列数据而推断出的系统发生树上，从而从因果角度解释这些特征。在本文中，我通过对几个相互关联的概念性问题进行探讨，对ASR/CM方法提出了独特的批判。在科学探究中所使用的传统演绎推理及非演绎推理框架下，这些方法存在逻辑缺陷，会导致错误的结论。本文所指出的问题主要在于：系统发生学上的推断，以及所有其他类型的系统假设，其实都属于溯因推理的范畴。溯因推理是通过将因果关系理论与观察到的现象相结合，从而推断出合理的潜在原因或原因集合。作为非演绎推理的一种，至少在推断系统发生学及特定物种假设的背景下，完全证据原则（RTE）对溯因推理具有重要意义。本文进一步指出，ASR/CM作为溯因推理方法之所以失败，原因有二：（1）违反了完全证据原则；（2）这些方法以一个事先推断出的系统发生树作为前提，而该树与推理过程并无逻辑关联。因此，ASR/CM得出的结论无法被视为具有解释意义的假设。
