中国鲽鱼（Bahaba taipingensis），又称金鱙鱼、大鲽、白花鱼，是一种在中国特有的底栖暖水鱼类，主要分布于东海和南海（Liu, 2020）。该物种栖息于多种生境，成年鱼通常生活在水深50–60米的近海区域，而幼体则聚集在河口及邻近的沿海水域。B. taipingensis是肉食性鱼类，其食物种类会随着发育阶段发生变化。成年鱼主要以小型鱼类和大型甲壳类动物如虾和蟹为食，而幼体则以虾的无节幼体为食。由于过度捕捞和栖息地破坏等因素，B. taipingensis的野生种群数量急剧下降，濒临灭绝。1988年，该物种被列为国家二级重点保护水生野生动物。2006年，国际自然保护联盟将其列为“极危（CR）”物种，2022年又被提升为I类国家保护动物。作为目前中国唯一被列为I类国家保护动物的海洋鱼类，B. taipingensis被誉为“海洋大熊猫”，具有极高的科学价值和保护意义。先前的研究显示，B. taipingensis生长速度较快，成年个体的体重通常在15–30公斤之间，体长为1.0–1.5米（Lu et al., 2021; Mo et al., 2023）。较大的个体体重可达100公斤，体长可达1.8米，因此在生态、学术和工业领域都具有重要价值。为加强这一珍稀海洋物种的保护，广东省惠州市的一个研究团队经过多年技术攻关，首次在中国实现了对B. taipingensis多次自然产卵的人工控制，从而突破了其人工养殖中的关键技术瓶颈（Cui et al., 2024）。然而，B. taipingensis的幼体阶段仍然存在存活率低、畸形率高的问题，这降低了人工养殖的效率，也阻碍了种群恢复的进程（Cui et al., 2024）。因此，本研究从遗传学角度探讨基因调控如何影响B. taipingensis幼体的存活率，旨在为优化该物种的人工养殖技术及推进其保护工作提供科学依据。
高通量转录组测序（RNA-seq）技术为系统分析鱼类在不同生理状态和应激条件下的分子响应机制提供了重要技术支持。目前，众多研究利用RNA-seq技术分析鱼类在温度、盐度、应激和病原体感染等应激条件下的肝脏及免疫相关组织的转录特征，揭示了免疫反应、代谢调节和应激反应等关键生物过程的变化规律（Liu et al., 2024a, Liu et al., 2024b; Jin et al., 2025a, Jin et al., 2025b; Zhu et al., 2025）。在数据分析方面，DESeq2和limma等方法已成为差异表达分析的常用工具，而clusterProfiler富集分析方法则被广泛用于探究差异表达基因的潜在生物学功能。
近年来，机器学习方法逐渐被引入转录组学研究领域，用于从高维表达数据中筛选与疾病状态或死亡风险高度相关的关键特征基因。相关研究表明，最小绝对收缩和选择运算子（LASSO）回归以及随机森林（RF）在生物标志物筛选和分类建模方面具有较好的稳定性和可解释性（Wang et al., 2025; Ali et al., 2026）。通过将机器学习与转录组学分析相结合，研究人员已在多种疾病模型中成功识别出具有预测价值的分子标记，并通过采样稳定性分析和标签替换测试，系统评估了候选特征基因模型的稳健性以及区分信号的统计显著性（Chen and Dhahbi, 2021; Jin et al., 2025a, Jin et al., 2025b）。不过，在鱼类研究领域，将转录组学信息与机器学习方法相结合以分析相关分子机制的研究仍相对较少。越来越多的证据表明，在真骨鱼类中，肝脏是协调全身能量平衡、先天免疫活动以及细胞增殖和凋亡的核心调控器官（Zhang et al., 2024; Chen et al., 2025a; Chen et al., 2025b）。因此，迫切需要系统研究在存活率较低的条件下B. taipingensis的肝脏转录组变化。有望通过基于转录组学和机器学习的综合分析策略，为揭示B. taipingensis幼体高死亡率的潜在分子机制提供新的研究思路和方法。
