在哥伦比亚加勒比地区的Johnbelkinia ulopus和Anopheles apicimacula蚊子中首次检测到Almendravirus属病毒

《Parasites & Vectors》：First molecular detection of the genus Almendravirus in Johnbelkinia ulopus and Anopheles apicimacula mosquitoes from the Colombian Caribbean

　　

摘要

背景

弹状病毒科包含多种病毒，其中狂犬病病毒尤为著名。该科的其他属病毒可感染哺乳动物、鸟类、爬行动物、鱼类和植物。

方法

2022年10月至2023年7月期间，从哥伦比亚加勒比海地区的科尔多瓦省和塞萨尔省的若干市镇采集了蚊子样本。根据分类学特征和地理区域将这些样本分组。提取RNA后，使用MGI-G50平台进行测序。生物信息学分析则借助Galaxy平台和Diamond-MEGAN程序完成。序列比对采用MAFFT程序，基因组注释使用Prokka程序，系统发育重建通过IQ-TREE实现，而树状图的可视化与编辑则由iTOL完成。欧洲分子生物学实验室（EMBL-EBI）的Clustal Omega程序用于构建相似度矩阵，Unipro UGENE程序则用于将L蛋白的氨基酸与保守共识序列（GDNQ）进行比对。

结果

在科尔多瓦省采集的一批Johnbelkinia ulopus蚊子样本中，发现了两种与Almendravirus arboretum（ABTV）和Almendravirus chico（RCHV）高度相似的新基因组。此外，在塞萨尔省的Anopheles apicimacula蚊子中，还检测到一种与中国的Almendravirus menghai（MRV）的L片段相似度较低的第三种基因组。

结论

这是哥伦比亚首项报道在Jb. ulopus蚊子中发现ABTV和RCHV的研究，同时也是首次发现与MRV系统发育序列相似的病毒，该病毒可能属于弹状病毒科的新成员。

图形摘要