埃及引起呼吸机相关肺炎的广谱耐药铜绿假单胞菌分离株的抗菌素耐药性及毒力因子全基因组分析

《BMC Infectious Diseases》：Whole-genome profiling of antimicrobial resistance and virulence determinants in extensively-drug resistant Pseudomonas aeruginosa isolates causing ventilator associated pneumonia in Egypt

　　

摘要

在需要长期机械通气的危重ICU患者中，Pseudomonas aeruginosa是导致呼吸机相关性肺炎（VAP）的最常见病原体之一。由于抗菌药物的过度使用，这类细菌出现了多重耐药、广泛耐药以及全耐药菌株。在埃及，关于与VAP相关的P. aeruginosa的基因组数据极为有限。本研究旨在分析从埃及ICU中患有VAP的患者呼吸道分离出的两种高度耐药的Pseudomonas aeruginosa菌株的抗菌药物耐药性决定因子、毒力因子、移动基因元件以及序列类型，其中一种为全耐药的粘菌素耐药菌株，另一种为广泛耐药的粘菌素敏感菌株。这两种菌株首先通过常规方法进行鉴定，随后利用MALDI-TOF MS技术确认其物种归属。抗生素敏感性测试则采用VITEK-2 Compact系统及肉汤稀释法完成。基因组分析则借助PATRIC、ResFinder、CARD和Mobile Element Finder等工具进行。两种菌株对所有常规检测的抗生素均表现出耐药性，不过其中一种菌株的粘菌素耐药性较强（MIC＞64 μg/mL），而另一种仍对粘菌素敏感。全基因组测序结果显示，这两种菌株属于较为罕见的ST2023和ST2685序列类型，基因组大小在6.5–7.6 Mb之间，GC含量为66%。SRR36105565基因组中存在21个移动基因元件，这表明该菌株具有较高的基因组灵活性，其耐药基因谱也更为丰富，包括blaVIM-2和OXA变异株、氨基糖苷类修饰酶、crpP基因以及消毒剂耐药标记基因。这两种菌株还保留有大量的毒力因子，如III型和VI型分泌系统、藻酸盐调控基因、群体感应网络以及铁载体生物合成基因簇。这也是埃及首次针对与VAP相关的全耐药P. aeruginosa进行的基因组研究。鉴于这些菌株存在广泛的耐药性却仍保持较强的毒力，未来在本地ICU开展基因组监测并加强抗菌药物管理具有重要的意义。