利用UNIChro-seq实现目标位点上精确、灵敏且高效的染色质可及性定量分析

《Nature Communications》：Accurate, sensitive, and efficient chromatin accessibility quantification at target loci using UNIChro-seq

　　

摘要

在疾病风险变异体的统计与实验性精细定位方面取得的最新进展，促使我们将研究重点放在特定目标位点上以便进行功能分析。然而，目前的遗传学研究由于缺乏有效的目标位点分析工具而受到限制。为了解决这一问题，我们提出了UNIChro-seq这种方法，它能够对目标位点上的可访问染色质分子进行数字化计数。与传统方法相比，UNIChro-seq能够更准确、灵敏且高效地量化等位基因效应。利用UNIChro-seq，我们研究了57个自身免疫疾病风险等位基因对染色质可访问性的影响，并评估了通过基因组编辑生成的20个人工变异体的因果效应。不过需要注意的是，有一部分经过编辑的等位基因会表现出错误的阳性染色质可访问性效应，而通过双向基因组编辑可以将其与真正的因果效应区分开来。最后，通过对LEF1位点上精细定位的风险变异体进行功能分析，我们明确了该变异体与类风湿性关节炎中T细胞功能紊乱之间的关联。这些发现共同体现了将UNIChro-seq与基因组编辑技术相结合，在实现对疾病相关位点的精确且大规模的功能分析方面的重要作用。