一项前瞻性宫颈癌研究中的整合基因组与转录组特征分析

《npj Precision Oncology》：Integrative genomic and transcriptomic profiles from a prospective cervical cancer study

　　

摘要

宫颈癌是全球范围内的公共卫生问题，其复发率较高，且对于已发生转移的病例，可用的治疗手段十分有限。居里研究所发起的RAIDs项目旨在改进宫颈癌的分子特征分析及风险分层方法。在Bio-RAIDs欧洲研究（NCT02428842）中，共有291名患者接受了全外显子测序，302名患者接受了单细胞基因组测序，270名患者接受了RNA测序，研究人员对这些高质量的全冷冻肿瘤样本以及相关临床数据进行了分析。常见的基因变异包括PIK3CA（30%）、KMT2D（11%）和KMT2C（11%）。其中只有TERT基因突变（13%）与较差的无进展生存期显著相关。在57%的患者中发现了可作为治疗靶点的基因变异，包括PIK3CA（30%）、KRAS（4%）、ERBB2（4%）以及FGFR3融合突变（5%）。转录组分析显示TERT基因以及衰老相关通路与无进展生存期和肿瘤坏死现象存在显著关联。基因表达分析则未发现不同免疫细胞群体之间存在显著差异。通过对234名患者的整合概率提升分析，发现GNAQ和THUMPD1基因是有助于延长无进展生存期的保护性因素，而肿瘤坏死、年龄超过50岁、FIGO分期处于III/IV期以及HPV阴性状态则与较差的预后相关。这些整合多组学分析为宫颈癌的预后判断提供了新的生物标志物，同时还发现了50多种具有临床应用价值的基因突变。转录组特征与基因变异及组织病理学特征均存在关联，这为宫颈癌的精准医疗发展提供了新的方向。