两种露兜树科物种的高质量染色体级基因组组装：露兜树与叶背刺露兜树

《Scientific Data》：High-Quality Chromosome-Level Genome Assemblies of two Pandanales species: Pandanus tectorius and Acanthochlamys bracteata

　　

摘要

Acanthochlamys bracteata P. C. Kao（凤梨科）和Pandanus tectorius Parkinson（露兜树科）都属于露兜树目。P. tectorius是一种沿海植物，能适应菲律宾及太平洋岛屿上的盐碱性和潮间带环境，而A. bracteata则是青藏高原特有的极度濒危草本植物。在本研究中，我们为这两个物种构建了高质量的染色体级基因组图谱。P. tectorius的基因组大小为821.80兆碱基对，对应30条染色体；A. bracteata的基因组大小为192.29兆碱基对，对应20条染色体。其contig N50值分别为18.31兆碱基对和8.00兆碱基对，BUSCO完整性分别为99.33%和97.95%。研究共鉴定出28,612个和23,144个蛋白质编码基因，两者的BUSCO完整性均超过90%。系统基因组分析表明，Acanthochlamys与Pandanus大约在9939万年前分化，而它们的共同祖先则在约1.2141亿年前从薯蓣目中分化出来。这些染色体级基因组图谱为研究物种如何适应极端沿海或高海拔环境，以及为露兜树目中濒危物种的保护基因组学研究提供了宝贵的资源。