一种统一的网络系统分析方法揭示了T滤泡辅助细胞分化背后的核心程序

《Nature Communications》：A unified network systems approach uncovers a core program underlying T follicular helper cell differentiation

　　

摘要

了解免疫状态进展背后的多尺度机制对于明确其功能至关重要。这对于功能多样且具有可塑性的免疫细胞，如T滤泡辅助细胞（Tfh细胞）而言尤为重要。在此，我们采用了一种多尺度网络系统方法，该方法同时考虑了调控作用和蛋白质间的相互作用。该途径能够整合多种类型的数据，涵盖免疫系统不同层次上的调控机制，并重现已知的Tfh细胞分化驱动因素。此外，我们还提出了CoreNet——一组在人类和小鼠中、不同组织类型及疾病背景下都保持一致的Tfh核心基因集，且在不同数据来源中都具有稳定性。通过CoreNet研究，我们发现NR3C1和白细胞介素（IL）-12在调控Tfh细胞分化中起重要作用。值得注意的是，IL-12虽然有助于Tfh前体细胞的分化，但却会抑制其向生发中心Tfh细胞的分化。总体而言，这项研究揭示了在不同物种和组织中调控Tfh细胞分化的新机制，同时提供了一个可推广的分析框架。CoreNet可通过以下交互式网页访问：https://pitt-csi.shinyapps.io/tfhcorenet/。