名菇发育阶段的转录组分析及候选基因筛选

《Journal of Fungi》：Transcriptomic Profiling of Developmental Stages and Screening of Candidate Genes in Pholiota nameko

　　

摘要

名菇的生长发育周期可分为四个阶段：菌丝阶段（JS）、原基阶段（FH）、生长阶段（SZ）和成熟阶段（CS）。在本研究中，我们对处于这四个阶段的名菇进行了转录组测序，随后通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析筛选出差异表达基因，并对其功能进行注释。通过整合所有差异表达基因的注释结果，我们筛选出了可能与名菇的生长发育相关的候选基因。接着利用实时定量PCR（RT-qPCR）技术比较这些候选基因的表达水平，以确定表达最强的基因。研究结果表明，在FH与CS以及SZ与CS的对比中，差异表达基因主要集中于与蛋白质加工、脂肪酸代谢以及亚油酸代谢相关的途径上，这说明这些特定代谢途径的异常可能与该菌的生长发育密切相关。通过基于上调程度和对数₂倍变值（log₂FC）的分析，进一步筛选出了13个候选基因，其中通过RT-qPCR分析初步确定表达水平最高的基因为Cluster-7415.13。该基因可能参与快速细胞扩张、细胞壁合成、养分吸收以及生长阶段的活跃代谢等过程。