对日本地区PRRSV-2 ORF5序列多样性的重新分析发现了一个此前未被识别的候选谱系级分支

《Archives of Virology》：Reassessment of PRRSV-2 ORF5 sequence diversity in Japan identifies a previously unrecognized candidate lineage-level clade

　　

摘要

猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（PRRSV-2）具有极高的遗传多样性，而基于ORF5的分类方式为全球分子监测提供了标准化框架。在日本之前的一项全国性研究中，4谱系（L4）被认定为一种占主导地位的谱系，其遗传多样性异常高。这一发现促使人们重新评估被归类为L4的病毒，以确定这种差异是源于谱系内的多样化还是更深的系统发育分离。在本研究中，我们利用最大似然系统发育重建方法以及符合全球ORF5分类框架的成对核苷酸距离分析方法，重新评估了日本境内先前被归类为L4的PRRSV-2 ORF5序列。在去除重复序列后，共有321个被归类为L4的ORF5序列与全球参考数据集一同进行了分析。系统发育分析显示，在被归类为L4的病毒群体中存在两个不同的分支。其中一个分支包含全球的L4参考序列，而另一个分支则形成了一个由日本序列构成的独特单系群，其在定义节点处的自举值≥85%。未经校正的成对核苷酸p距离分析表明，这两个分支之间的差异超过了11%的ORF5谱系划分阈值（分支间p距离的中位数為0.133）。综合系统发育和遗传距离证据，我们将这个独特的分支暂命名为JPL-A，认为其属于与主要L4分支不同的候选谱系级分支。这些研究结果表明，日本当前的PRRSV-2多样性中包含一个在历史全球参考数据中未被充分体现的谱系级群体，同时也凸显了区域监测数据在完善基于ORF5的标准化分类资源方面的价值。