《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》：Clinical utility of CSF metagenomic next-generation sequencing in suspected CNS infection: performance against a composite reference standard and read-count stratification
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背景：宏基因组下一代测序（mNGS）在疑似中枢神经系统（CNS）感染中日益用于识别病原体，但缺乏标准化定量指标使其临床整合困难。方法：研究人员回顾性分析46例接受脑脊液（CSF）mNGS检测的疑似脑炎、脑膜炎或脑膜脑炎患者，采用复合临床参考标准将病因确定性分为
背景：宏基因组下一代测序（mNGS）在疑似中枢神经系统（CNS）感染中日益用于识别病原体，但缺乏标准化定量指标使其临床整合困难。方法：研究人员回顾性分析46例接受脑脊液（CSF）mNGS检测的疑似脑炎、脑膜炎或脑膜脑炎患者，采用复合临床参考标准将病因确定性分为明确、可能和不太可能三类，评估mNGS与可能病因（明确或可能）的一致性，计算诊断性能，并探索基于每例患者最大读段计数（<10、10–49、≥50）的分层解释框架。结果：mNGS阳性率为28.3%（13/46），阳性率随诊断确定性升高而增加（不太可能组0%、可能组11.8%、明确组73.3%）。在复合参考下，mNGS敏感性40.6%、特异性100%、阳性预测值100%、阴性预测值42.4%，提示其“确诊”能力强于“排除”能力。病毒为主（HSV-1与VZV最常见），所有结果需在仅DNA检测背景下解释。阳性且可能病因者中，明确病因比例随最大读段层级升高而增加，但分层估计不精确，属探索性。结论：在该真实队列中，阳性CSF mNGS比阴性结果更能支持感染病因；最大读段分层对阳性结果有探索性解释价值，但非验证性临床决策规则，需更大规模多中心研究确认。
研究背景与立项依据
中枢神经系统（CNS）感染（脑炎、脑膜炎、脑膜脑炎）需快速治疗决策，但临床综合征缺乏特异性，常与自身免疫性脑炎、肿瘤等重叠。传统脑脊液（CSF）诊断受低病原生物量、标本量少、培养条件苛刻及采样前抗生素使用限制；靶向PCR需预先怀疑特定病原体。mNGS（metagenomic next-generation sequencing，宏基因组下一代测序）作为非靶向策略可补充常规检测，但其临床解释存在挑战：低丰度序列可能为污染或定植，多重检出归因困难，阴性结果易致虚假安心，且实验室常仅报告原始读段计数而无标准化背景对照。因此，研究人员在蚌埠医科大学第一附属医院开展单中心回顾性研究，旨在描述病原体谱、以复合临床参考标准评估CSF mNGS诊断性能，并探索基于患者水平最大读段计数的分层解释框架。
论文发表于《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》。
主要技术方法概括
研究人员纳入2024年5月至2025年6月该院18–80岁疑似急性CNS感染成人46例，排除免疫抑制、非感染替代诊断等。CSF经腰椎穿刺采集约4 mL，其中一部分行DNA-only mNGS：宿主背景去除后于DNBSEQ-200平台双端50 bp测序，比对至24142分类单元数据库并过滤背景。病因裁定由感染科、神经科、微生物科三人小组按Definite/Probable/Unlikely三级复合参考标准（非盲于mNGS结果）判定，Definite+Probable合并为Likely病因。以每例患者最高读段数（max reads）分<10、10–49、≥50三层，用精确二项CI与Cochran-Armitage趋势检验做探索性分析。
研究结果
3.1 基线特征与总体mNGS结果：46例中33例阴性、13例阳性（28.3%）。阳性组绝对淋巴细胞计数显著升高（P=0.028），其余人口学与CSF白细胞计数无组间差异。
3.2 病因裁定与mNGS一致性：Definite 15例、Probable 17例、Unlikely 14例。mNGS阳性率随确定性升高：Definite 73.3%、Probable 11.8%、Unlikely 0%。以Likely为疾病阳性，mNGS敏感性40.6%（95%CI 23.7%–59.4%）、特异性100%（76.8%–100%）、PPV 100%（75.3%–100%）、NPV 42.4%（25.5%–60.8%）；19例mNGS阴性仍归Likely，说明阴性不能可靠排除感染。
3.3 阳性例病原体谱与定量信号：13例共18次检出，病毒占77.8%（HSV-1与VZV各5例、EBV 4例），细菌3例（鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、拟肺炎克雷伯菌），阿米巴1例（Balamuthia mandrillaris）。9例单病原、4例多重。Definite组max reads高于Probable组（Kruskal–Wallis P=0.060）。
3.4 固定阈值读段分层与病因确定性关联：13阳性例按max reads分低（<10，n=4）、中（10–49，n=4）、高（≥50，n=5）层；Definite比例分别为50%、100%、100%，Cochran-Armitage趋势P=0.046。
3.5 读段分层解释框架验证：低层Definite概率50.0%（95%CI 6.8%–93.2%），中、高层均100%（CI 39.8%–100%、47.8%–100%）。研究人员提出整合阴/阳与max reads层级的解释路径，但强调属实践总结非验证规则。
讨论部分总结
研究人员指出阳性mNGS支持感染性强于阴性排除性，与既往报道一致；敏感性偏低源于CSF病原负荷低、采样晚、采样前抗菌药使用及仅DNA流程。HSV-1/VZV主导符合病毒CNS感染流行病学，EBV需谨慎解释（可为再激活或脱落），Balamuthia检出体现mNGS发现罕见病原优势。局限包括单中心、阳性数少、参考标准未盲于指数试验致纳入偏倚、缺RNA流程、抗菌药暴露记录粗、无相对丰度或背景控制。结论：在该真实DNA队列中，阳性CSF mNGS比阴性更能支持感染病因；患者水平max reads分层对阳性结果具探索性解释价值，但属初步假设生成，非验证决策框架，需多中心标准化研究完善。
