《Clinical Pharmacology & Therapeutics》：Fecal Microbiota Transplantation and Microbiota-Based Therapeutics in Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation: Current Evidence and Future Directions
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肠道微生物组是免疫稳态、代谢和上皮屏障完整性的关键调节因子。在恶性血液病患者中，特别是接受造血干细胞移植（HSCT）的患者，由于细胞毒性治疗和广谱抗菌药物的暴露，微生物组扰动（表现为多样性降低、病原菌扩增和有益代谢物丢失）很常见。因此，肠道微生物组操作已成为一
肠道微生物组是免疫稳态、代谢和上皮屏障完整性的关键调节因子。在恶性血液病患者中，特别是接受造血干细胞移植（HSCT）的患者，由于细胞毒性治疗和广谱抗菌药物的暴露，微生物组扰动（表现为多样性降低、病原菌扩增和有益代谢物丢失）很常见。因此，肠道微生物组操作已成为一种有前景的策略。研究人员在PubMed/MEDLINE、Embase和Web of Science中进行了从建库至2025年10月的叙述性文献综述。研究人员重点关注成人血液学和HSCT人群，并综合了微生物组导向干预措施的证据，包括粪菌移植（FMT）和新兴的标准化微生物组产品，以及辅助策略，如益生元、益生菌、后生元、饮食调节和微生物组保护性抗微生物实践。现有临床证据（主要来自病例系列、小样本队列和有限数量的随机试验）表明，FMT在选定的免疫功能低下患者中是可行的，并可能对复发性艰难梭菌感染（CDI）、多药耐药菌（MDRO）去定植和类固醇难治性胃肠道移植物抗宿主病（GvHD）有益。机制数据支持微生物组恢复的多效性效应，包括补充免疫调节代谢物、改善定植抵抗和增强黏膜功能。虽然大多数报告的不良事件是轻微的，但罕见的传播事件和产品变异性需要对供体进行严格筛选、标准化生产和监管监督。关键知识空白包括患者选择、最佳时机、剂量策略、获益持久性以及与合并用药的整合。总之，基于微生物组的干预措施可能从抢救性治疗过渡为恶性血液病管理中的结构化支持治疗组成部分。
文献检索策略：采用针对性文献检索策略，在PubMed/MEDLINE、Embase、Web of Science和Cochrane Library中检索从建库至2025年10月31日的文献，并辅以关键出版物参考文献列表的手工筛选。检索词结合了与恶性血液病、细胞治疗和肠道微生物组操作相关的自由文本关键词。范围包括针对目标人群的微生物组导向干预措施，如FMT及相关方法（微生物组衍生产品、活体生物治疗药物）、旨在恢复微生物多样性或功能的策略（益生菌、益生元、合生元、后生元、饮食干预），以及可能间接改变微生物组的护理实践（如抗菌药物暴露模式和去定植策略）。优先纳入随机对照试验、前瞻性干预研究、对照观察性研究、有临床信息的队列研究，以及涉及血液学或HSCT中微生物组操作的系统性综述或叙述性综述。当直接血液学特异性证据有限时，纳入有助于解释生物学机制的机制性、转化性或非血液学研究。排除聚焦儿科人群、无法直接转化至人类的动物模型以及缺乏足够患者结局数据的报告，但保留部分用于解释机制假说的临床前研究。研究选择由作者在稿件撰写过程中迭代进行。从纳入报告中提取研究设计、临床环境、人群和治疗背景、干预特征、供体筛选和FMT或微生物组产品的制造细节、随访持续时间、对照使用、安全性信号以及临床相关结局，如GvHD、血流感染、MDRO定植、复发性CDI和死亡率。由于本稿件设计为叙述性综述，未进行正式偏倚风险评分或GRADE评估，而是进行了结构化定性评估，在解读文献时明确考虑研究设计、临床环境、样本量、对照使用、结局类型、随访持续时间和证据的直接性。共审查并保留了约150篇出版物、监管或指导文件用于叙述性综合。当证据冲突时，优先选择同行评审的全文出版物而非会议摘要，对照研究和随机研究而非非对照报告，大型多中心研究而非小型单中心系列，以及来自血液学或HSCT人群的直接临床证据而非其他人群的间接证据。
FMT的确立和实验性适应症：FMT在血液学相关适应症中的临床成熟度差异显著。最确定的是复发性CDI，FMT和标准化微生物组产品在更广泛成人人群中已显示出疗效，尽管血液学和HSCT特异性证据仍主要来自小病例系列和观察性研究以及免疫功能低下亚组数据。因此，在恶性血液病患者中，FMT用于复发性CDI可被视为具有最强临床依据的适应症，但仍需谨慎的患者选择、供体筛选和机构经验。相比之下，MDRO去定植应被视为有前景但尚未完全验证的适应症。一项单中心前瞻性队列研究显示，约70%的MDRO定植恶性血液病患者在FMT后去定植，但非随机设计和自发去定植可能性限制了因果推断。FMT用于类固醇难治性或类固醇依赖性胃肠道GvHD是另一个有鼓励性但非确定性证据的领域。初始单中心病例系列和后续研究描述了FMT后的临床反应，包括改善腹泻、GvHD严重程度、微生物多样性和免疫细胞谱，但多数研究受限于样本量小、人群异质性、时机和制剂差异以及缺乏对照数据。因此，FMT用于类固醇难治性胃肠道GvHD目前应被视为有前景的研究性或专科中心策略，而非确立的标准治疗。
肠道微生物组操作作为治疗模式：治疗框架、暴露与反应评估：一个有用的概念性转变是将肠道微生物组操作视为一种生物活性治疗干预，而非仅仅补充耗竭的微生物群落。在此框架下，微生态失调代表一种可改变的疾病相关状态，其特征为微生物多样性丧失、病原菌主导、定植抵抗受损、免疫调节代谢物产生减少和上皮屏障功能破坏。FMT和标准化微生物组产品可被解释为旨在恢复肠道生态系统生态和功能特性的机制性干预。与常规药物不同，FMT的治疗暴露不仅由给药质量或浓度定义，还取决于活性和功能性微生物群落是否到达相关肠道生态位、存活并产生可测量的生物效应。关键暴露相关概念包括植入、持久性和功能活性。植入指供体或产品衍生微生物在受体肠道中的定植；持久性描述此效应随时间持续的能力；功能活性指恢复微生物通路，如短链脂肪酸（SCFA）产生、胆汁酸转化、色氨酸代谢和定植抵抗。这些概念在血液学中高度相关，因为持续的系统性抗生素、预处理相关黏膜损伤、免疫抑制、胃肠道GvHD及营养限制均可能影响植入和治疗持久性。因此，对部分患者可能需要重复给药或序贯微生物组导向治疗，尤其是当微生态失调严重或首次干预在系统性抗生素暴露期间进行时。途径和制剂是微生物组暴露的核心决定因素。下消化道给药可能提供直接结肠沉积，但受限于黏膜脆性、出血风险和严重腹泻，或HSCT合并GvHD患者的操作不稳定。上消化道给药已在单中心病例系列和队列研究中应用，但可能引起误吸、胃酸和小肠污染等问题。口服胶囊因其无创性、可扩展性及与保护性隔离流程的兼容性而日益受到青睐。在随机、双盲II期试验中，基于口服胶囊的FMT在HSCT受体和急性髓系白血病（AML）患者中性粒细胞恢复后是可行的，并改善了微生物组终点，但未显著减少感染。然而，胶囊疗效取决于胶囊稳定性、胃酸抵抗、微生物活性及结肠递送。制剂也重要，因为新鲜、冷冻、冻干、混合供体、孢子基和定义菌群产品在微生物复杂性、活力、稳定性、制造可重复性和理论安全性方面存在差异。因此，微生物组操作的临床效果应始终结合患者层面适应症、产品组成、途径和给药方案进行解读。未来的临床开发可能需要生物标志物来定义患者资格、量化生物活性并预测临床反应。候选微生物组生物标志物包括基线肠道α多样性、肠球菌或其他病原菌的主导、产SCFA类群的耗竭以及抗菌药物耐药基因的存在。功能性生物标志物，如粪便中乙酸、丙酸和丁酸浓度、次级胆汁酸谱、色氨酸衍生物、与定植抵抗相关的宏基因组通路以及上皮修复标志物，可能更具信息价值。此外，微生物组读数可被宿主反应生物标志物补充，如炎性细胞因子、肠道通透性标志物和GvHD相关标志物（ST2、REG3α）。这些生物标志物不应仅被视为探索性终点，而应作为微生物组导向治疗的药效学指标，并最终指导剂量选择、重复给药或升级。
基于微生物组产品的治疗开发：产品标准化是微生物组操作成熟为治疗领域的另一个先决条件。传统供体源性FMT固有可变性，因为供体微生物组组成、饮食和药物暴露、粪便收集程序、递送途径和受体生态均影响最终生物暴露。从药物开发角度看，这种可变性产生了对常规小分子而言不常见但对微生物组基础治疗至关重要的挑战：定义活性物质、确保批次间一致性、建立效力测定、控制生物负荷和可传播病原体、保持活力，以及将产品属性与临床结局联系起来。供体变异性是产品异质性的主要决定因素之一。减少变异性的策略包括重复供体资格认证、集中粪便库、混合供体制造、定义微生物菌群、孢子富集制剂以及合成或合理选择的细菌群落。释放标准对用于免疫功能低下受体的微生物组产品尤为重要，应至少包括病原体排除、供体资格验证、无临床相关MDRO以及制造可追溯性记录。对于更先进的产品，释放测试还可包括活微生物计数、微生物多样性或分类组成、无预定耐药基因、污染物限度、储存后稳定性以及功能效力测定。制剂稳定性是另一个关键开发问题。新鲜粪便制剂可能保留更广泛的活生态系统，但物流要求高且难以标准化。冷冻制剂支持粪便库和批次测试，但需验证的冷冻保存、储存和运输条件。冻干和胶囊制剂可能提高可扩展性、患者接受度及与保护性隔离流程的兼容性，但需证明加工不影响活力、生态功能或递送至预期肠道生态位。孢子基产品（如SER-109/Vowst）代表了另一种策略：选择更稳定的微生物部分，可口服给药并以更高可重复性制造。而直肠给药产品（如RBX2660/Rebyota）和混合供体全生态系统产品（如MaaT013）旨在递送更广泛的微生物群落，但面临供体可变性、储存、给药和释放测试方面的不同挑战。临床终点也应是分期特异性的。早期阶段研究应优先考虑安全性、可行性和耐受性，以及植入、持久性、药效学活性和微生物组或代谢组功能变化。中期阶段研究应将生物活性与临床信号联系起来，如CDI复发、MDRO携带密度、血流感染、腹泻量、类固醇减量、GvHD反应等。后期阶段试验应使用临床有意义且适应症特异性的终点，如持续CDI复发预防、持久MDRO去定植伴感染风险降低、急性GvHD第28天胃肠道反应、无失败生存期、非复发死亡率、总生存期或其他验证的复合终点。重要的是，用于复发性CDI的终点不能直接移植至GvHD或MDRO去定植，因为这些适应症的生物靶点、预期时间过程、竞争风险和可接受安全性特征存在显著差异。监管监督因此与临床开发不可分割。在美国，FDA关于活体生物治疗产品的指南强调研究产品的化学、制造和控制信息，包括身份、纯度、效力、制造过程和稳定性考虑。在复发性CDI中，SER-109/Vowst和RBX2660/Rebyota的批准说明了从经验性FMT向受监管微生物组产品的过渡。然而，这些批准不能直接外推至血液学、HSCT或GvHD适应症，需专门的临床证据。在欧洲，关于人类来源物质的法规（EU）2024/1938建立了适用于人类应用物质的质量和安全框架，而基于微生物组的药品可能根据产品组成、加工和预期用途落入药品开发路径。这一不断演变的监管环境推动该领域走向更正式的质量体系、药物警戒和跨境一致性，同时也强调需要区分传统FMT及相关粪便库衍生制剂与工业制造的微生物组药品。
微生物组操作的病理生物学基础：代谢与免疫失调：肠上皮由动态更新的肠道上皮细胞（IECs）层构成，是抵御肠道病原体的第一道防线。SCFA是该过程的关键调节因子。主要SCFA（乙酸、丙酸、丁酸）由共生纤维发酵细菌通过发酵宿主不可消化的膳食底物产生。丁酸是IECs的关键能量来源，具有免疫调节特性，促进调节性T细胞分化并限制促炎细胞因子产生。SCFA还通过作为组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂发挥抗炎作用。同时，吲哚及相关色氨酸代谢物激活芳烃受体，增强上皮屏障功能并刺激白细胞介素-22（IL-22）介导的黏膜修复。实验研究表明，SCFA可诱导芳烃受体（AhR）和缺氧诱导因子1α（HIF-1α）等基因表达，这些效应通过细胞表面G蛋白偶联受体41（GPR41）激活和HDAC活性抑制介导，最终促进CD4
+ T淋巴细胞和先天淋巴样细胞（ILCs）产生IL-22。体内小鼠移植模型显示，这些微生物代谢物的丢失与更严重的GvHD相关，而补充则具有保护作用。对HSCT受体的观察性和转化研究表明，移植后肠道微生物组高度动态。产SCFA类群（包括Lachnospiraceae家族成员）的耗竭及SCFA水平差异与GvHD发生相关。在急性GvHD期间，SCFA产生显著下降，疾病严重程度与多种严格厌氧菌（包括Lachnospiraceae家族和Blautia属以及Ruminococcaceae家族类群）呈负相关。急性GvHD患者中主要SCFA（乙酸-75.8%、丙酸-95.8%、丁酸-94.6%）显著减少。后续研究支持SCFA代谢细菌群落失调可能促进GvHD发病。FMT可能有助于重建代谢物产生类群，恢复SCFA产生和其他有益代谢途径，从而将肠道免疫环境转向更具耐受性状态，促进FoxP3
+调节性T细胞扩增并抑制致病性Th1/Th17反应。此外，FMT后改善的定植抵抗可能减少内毒素产生革兰氏阴性菌的相对丰度，从而降低系统性内毒素血症。
肠道屏障完整性破坏与微生物组-药物相互作用：肠上皮和黏液层形成关键屏障，防止细菌从肠腔易位至血液和淋巴组织。微生态失调和GvHD均可损害此屏障。GvHD诱导上皮细胞凋亡和杯状细胞耗竭，而微生态失调可促进黏液降解类群的扩增。通过FMT恢复更“生态正常”的微生物组可能通过多种互补机制支持屏障修复。共生菌（尤其是产丁酸类群）促进黏液产生和增强紧密连接完整性，从而帮助修复受损上皮。此外，FMT可能减少黏液溶解病原菌的相对丰度，限制单一黏液降解微生物的主导地位，从而保护上皮功能。更完整的屏障预计将减少微生物产物（如脂多糖或鞭毛蛋白）的系统性暴露，这些产物可放大炎症级联反应。一个特别重要但尚未充分发展的机制维度是药物微生物组学，指肠道微生物组与药物处置、疗效和毒性之间的双向相互作用。此概念在恶性血液病和HSCT中高度相关，因为患者暴露于密集且重叠的药理学压力，包括系统性糖皮质激素、细胞毒性化疗、预处理方案、抗菌、抗病毒和抗真菌药物及支持性治疗。这些药物可能重塑肠道生态系统，而微生物群落反过来影响药物吸收、代谢、肠肝循环和胃肠道毒性。在HSCT中研究最充分的例子涉及霉酚酸酯。霉酚酸经历葡萄糖醛酸化并经胆汁排泄，随后由细菌β-葡萄糖醛酸酶在肠道进行去共轭，实现肠肝循环。观察性药代动力学-微生物组研究显示，霉酚酸酯的肠肝循环减少与较低血药浓度及特定粪便微生物组特征相关。后续研究支持微生物组衍生的β-葡萄糖醛酸酶活性可能解释个体间霉酚酸暴露差异。其他免疫抑制剂（如他克莫司）也可能受微生物组依赖机制影响，但证据在HSCT中尚不充分。抗菌药物代表另一主要药物微生物组学压力。广谱抗厌氧菌抗生素与微生物多样性降低、保护性共生菌丢失和GvHD相关死亡率增加相关。抗真菌预防和肠道真菌组增加了另一层复杂性。在HSCT受体中，真菌群落动态变化，念珠菌扩增与较差总生存期相关。FMT用于GvHD的研究中，真菌组分析可行，但供体-受体真菌转移有限。微生物组与糖皮质激素反应的关系是新兴领域。在类固醇难治性胃肠道GvHD中，FMT的早期临床证据表明微生物多样性恢复可伴随临床改善和免疫细胞组成变化。最后，微生物组与抗肿瘤治疗的相互作用应作为未来研究重点。
FMT的安全性与挑战：总体安全性：在免疫功能低下的血液病患者中实施FMT时，确保安全性是首要任务。已发表文献表明，在严格供体筛选和标准化程序下，FMT在此脆弱人群中可行且具有可接受的安全性。多项研究未发现FMT与过度死亡率或感染并发症意外信号相关。报告的不良事件大多为轻度且自限性，包括胃肠道症状和短暂发热。然而，罕见但严重风险已被记录，促使加强监管审查。2019年，FDA发布安全警示，因两名免疫功能低下成年人在接受研究性FMT后发生多药耐药大肠杆菌侵袭性感染，而供体材料未充分筛选耐药菌。病毒传播是另一个担忧。在随机、双盲II期FMT试验中，一名类固醇难治性GvHD患者出现与FMT时间相关的致死性腺病毒感染。因此，供体筛选通常包括详细健康问卷、血清学检测和粪便病原体检测。许多方案还排除携带产超广谱β-内酰胺酶或碳青霉烯耐药菌的供体。只有少数潜在供体（约5-10%）满足所有资格标准。除感染并发症外，安全性考虑还包括操作相关风险（如上消化道给药时的误吸）和理论上的免疫学担忧。在异基因HSCT受体中，有假设认为FMT可能转移免疫原性物质，触发新发GvHD。但实践中，粪便滤液基本无细胞，且直接归因于FMT的新发GvHD尚未被令人信服地记录。总体而言，当在严格方案下进行时，FMT似乎未显著增加GvHD或其他免疫介导并发症的风险，但仍需更大规模对照研究。
监管与物流挑战：在许多司法管辖区，FMT被作为生物药品或等效类别进行监管。在美国，FDA允许在执法自由裁量框架下使用FMT治疗复发性CDI，但超出此适应症通常需要研究性新药途径。在欧洲，监管方法仍存在异质性。FMT材料的标准化是另一个挑战，因为制剂固有供体和批次依赖性。为克服这些限制，多组正在开发更标准化的微生物组治疗药物，包括定义菌群和胶囊制剂。从实践角度看，向急性重症血液病患者施用FMT需要协调和机构基础设施。许多HSCT受体处于保护性隔离病房，粪便材料的处理和递送需严格感染预防程序。给药途径是另一个考虑因素。下消化道给药在严重GvHD中常不可行，因此上消化道给药或口服胶囊更受青睐。时机与合并治疗的整合仍是临床挑战。正在进行全身性抗生素可能通过抑制移植群落中的微生物而损害植入，因此一些方案建议在FMT前后暂停非必需抗生素。此外，患者和医生可能对FMT有保留意见，尤其是在HSCT和GvHD等高风险环境中。因此，清晰咨询至关重要，将FMT视为微生物组恢复的一种形式，并进行透明讨论。
与其他微生物组调节疗法的比较：益生菌：益生菌是活微生物，旨在提供健康益处。然而，常规益生菌恢复HSCT后深度微生态失调的能力可能受生态和制剂限制。大多数益生菌产品仅含少数菌株，而HSCT相关微生态失调的特征是广泛分类和功能多样性丧失。在HSCT中，一项随机试验未检测到益生菌相关的微生物组变化或GvHD保护。相比之下，粪菌移植（FMT）可恢复更广泛的微生物多样性。益生菌在严重扰动肠道生态系统中的持续植入可能有限。此外，在黑色素瘤接受PD-1阻断的患者中，益生菌使用与较低微生物多样性和较差免疫治疗结局相关，提示益生菌补充可能具有情境依赖性。尽管如此，早期临床研究表明，益生菌和干预措施在某些环境下可能发挥免疫调节作用。在HSCT受体中，多菌株益生元/益生菌干预与调节性T细胞频率增加和严重急性GvHD发生率降低相关，但需谨慎，因为益生菌在粒细胞缺乏或严重免疫抑制患者中与侵袭性感染相关。
益生元和饮食干预：益生元是可发酵膳食纤维，选择性地促进有益肠道微生物的生长和代谢活性。在HSCT中，补充这些底物可帮助恢复更生态正常的微生物群落，尤其是支持产SCFA类群。一项临床研究显示，益生元混合物与急性GvHD保护及微生物多样性保留相关。然而，益生元疗效依赖于响应共生菌群的存在，因此在深度微生态失调状态下，单独益生元可能无法重建微生物组组成或功能。类似地，饮食干预可塑造微生物组。观察性研究显示，较高膳食纤维摄入与更大微生物多样性和较低炎症相关，而实验性研究表明乳糖可利用性可能促进肠球菌扩增。因此，一些中心正在评估结构化移植后饮食策略。饮食调节可能是一种安全但缓慢的影响微生物组的方法。
抗生素介导的微生物组调节：有趣的是，尽管抗菌药物是微生态失调的主要驱动因素，它们也被视为潜在的有针对性的微生物组调节工具。策略包括使用选择性抗生素抑制特定与不良结局相关的类群，或使用超窄谱抗生素或最小吸收剂（如口服利福昔明）来限制革兰氏阴性菌过度生长，同时相对保留严格厌氧菌。更直接可行的方法是优化预防性和经验性抗生素实践，以减少对共生群落的附带损害。观察性HSCT队列研究和转化模型已显示抗厌氧菌抗生素暴露与微生物多样性丧失和不良HSCT结局相关。因此，一些中心寻求在临床适当时尽量减少具有广谱抗厌氧菌活性的抗生素，考虑常规氟喹诺酮预防，并尽可能缩短全身抗生素疗程。抗菌药物管理代表一种可行的减轻HSCT中微生态失调的策略。
后生元和噬菌体治疗：另一种方法是通过给予微生物代谢物或生物活性成分（后生元）来靶向生态正常微生物组的关键下游效应通路。后生元不构成微生物组恢复，但可能以更标准化的方式提供选择性功能益处。例如，补充短链脂肪酸（尤其是丁酸）或产丁酸定义菌群已被提议作为模拟FMT部分效果同时减少供体衍生产品固有变异性的策略。胶囊丁酸或丙酸制剂正在被研究用于GvHD和其他炎症性胃肠道疾病。另一个新兴概念是噬菌体治疗，旨在选择性减少病原菌类群，同时保留更广泛的生态系统。在原理上，靶向粪肠球菌或艰难梭菌的噬菌体可降低其肠道负荷并促进保护性共生菌恢复。然而，在血液学和HSCT受体中，基于噬菌体的策略仍处于实验阶段，临床证据有限。
新兴靶向微生物组治疗：药物开发日益聚焦于标准化微生物组治疗药物作为传统供体源性FMT的替代方案。复发性CDI领域提供了最成熟的监管先例。SER-109/Vowst（口服纯化细菌孢子产品）和RBX2660/Rebyota（直肠给药粪便微生物组产品）均在美国获批用于预防复发性CDI。在HSCT环境中，混合供体微生物组生态系统产品正在开发中。MaaT013是直肠给药的混合供体标准化微生物组生态系统产品，MaaT033是口服胶囊制剂。在单臂II期试验中，MaaT013在类固醇耐药胃肠道急性GvHD中显示出令人鼓舞的反应率。MaaT033正在PHOEBUS随机IIb期试验中评估。更广泛地，多组正在开发旨在恢复定植抵抗和降低感染风险的定义菌群。总之，低强度干预（如益生菌和益生元）可调节肠道微生物组并显示鼓励性信号，但通常被视为辅助策略，而非FMT在深度微生态失调中的替代品。这些方法并非互斥，且可能在合理顺序中发挥协同作用。
未来方向与研究机会：优化时机与适应症：一个核心未解决问题是如何将微生物组操作定位在恶性血液病和HSCT的治疗算法中。未来研究应旨在定义哪些微生态失调相关临床状态对微生物组操作有反应、哪些患者最可能获益以及需要何种生物暴露才能产生持久效应。目前证据不支持对所有HSCT受体进行普遍预防性FMT。随机、双盲II期试验显示，第三方FMT改善了微生物组相关终点，但未显著减少感染，支持可行性和生物活性而非常规预防性疗效。因此，预防性或先发性微生物组导向治疗应保持研究性，并最好在生物标志物指导的分配下进行研究，如深度多样性丧失、肠球菌或变形菌门主导、产SCFA厌氧菌耗竭的患者。时机相对于移植和疾病进程也在辩论中。单次FMT给药是否足够也不确定。未来试验应前瞻性定义FMT是作为早期与晚期策略、单次诱导干预还是可重复的微生物组恢复策略，并纳入纵向粪便采样以评估植入、持久性和抗生素再暴露后效果丧失。
产品标准化与个性化：该领域日益转向标准化微生物组治疗药物，作为传统供体源性FMT的可扩展替代方案。正在努力改进制剂和递送，如冻干制剂、胶囊平台和定义或合成细菌群落，从而实现更个性化的方法。自体微生物组保存是一个补充概念，即患者在强化治疗前收集并冷冻保存自身粪便，随后重新给药。在急性白血病患者中，自体FMT显示出微生物组重建的可行性。从治疗开发角度看，产品标准化应包括组成和功能标准。组成标准可能包括微生物多样性、关键厌氧菌类群相对丰度、无可传播病原体和相关耐药决定簇、以及批次间可重复性。功能标准可能包括恢复定植抵抗、产生SCFA和转化初级胆汁酸为次级胆汁酸、产生免疫调节色氨酸代谢物，以及抑制相关实验系统中病原菌扩增。对于血液学特异性适应症，可能需要额外质量属性，如适用于粒细胞缺乏或黏膜炎患者、与抗菌药物暴露兼容，以及针对病毒和MDROs的验证安全性测试。理论上，辅助益生元可能通过提供优先支持有益类群的底物来增强FMT后的植入。相关策略是在FMT前预处理肠道生态系统，使用选择性抗生素或噬菌体抑制特定病原菌并打开生态位。个性化可能是另一个有前景的方向。供体选择和匹配可针对受体的微生态失调状态进行定制。
大规模临床试验与机制研究途径：为更确定地建立疗效，需要充分把握度的随机对照试验。迄今为止，多数已发表研究受限于小样本量。Rashidi等人的随机、双盲、安慰剂对照II期试验是该领域最重要的对照FMT研究之一。该试验中，异基因HSCT受体和诱导化疗后AML患者按2:1随机接受标准化口服胶囊第三方FMT或安慰剂，结果显示FMT组感染密度数值较低但无统计学差异。尽管如此，试验展示了生物活性，供体衍生细菌序列约占粪便微生物组的25-30%，并改善了微生物组多样性。阴性主要终点不应被解释为缺乏生物效应，而是提示未来试验可能需要生物标志物富集的高风险人群、优化时机和更直接与肠道微生态失调相关的终点。基于此，更大规模试验可能更适合检测之前研究因把握度不足而无法识别的临床有意义获益。同时，深入的转化工作对完善临床应用至关重要。对FMT治疗患者粪便、血液和组织样本的整合分析可能识别反应生物标志物或获益相关因素。此外，真菌组和病毒组的贡献也值得重点研究。
长期随访与整合入标准治疗：随着证据积累，一个关键问题是微生物组导向干预是否带来超越短期微生物学或症状终点的持久临床获益。因此，对FMT受体进行12个月及以上的纵向随访在未来试验中至关重要。关键临床结局可能包括复发性CDI发生率、血流感染、MDRO去定植持久性、免疫重建轨迹、GvHD发生率和严重程度、原发恶性肿瘤复发、抗菌药物暴露、住院和生存。观察性HSCT队列研究已提示微生态失调与不良临床结局（包括死亡率和可能的复发风险）之间的关联，但这些关联并未牢固确立微生物组恢复将改善长期肿瘤结局。如果微生物组恢复最终被证明能通过减少治疗相关并发症和影响复发风险来改善总生存期，这将代表对血液系统恶性肿瘤患者微生物组基础护理概念化的转变。因此，目前将微生物组操作整合入常规血液学或移植护理应被视为不成熟，除了复发性CDI等已确立适应症。对于其他适应症，包括预防性移植后微生物组恢复、MDRO去定植和类固醇难治性胃肠道GvHD，实施应理想地在设计良好的临床试验、前瞻性注册中心或使用标准化方案和系统性安全性监测的经验中心内进行。
