基于下一代测序的罕见神经系统疾病基因检测的共识建议

《European Journal of Human Genetics》：Consensus recommendations for next-generation sequencing-based genetic testing in Rare Neurological diseases

　　

研究人员最近与欧洲分子基因诊断质量网络（EMQN）合作，为罕见神经系统疾病（RND）的下一代测序（NGS）诊断建立了一项外部质量评估（EQA）计划。首轮评估揭示了基因检测报告质量和完整性的局限性和变异性。为了改进和协调RND的NGS诊断报告，研究人员基于EQA发现确定了28个需要建议的主题。这些主题分为四个领域：临床信息、解读、方法学和报告。组建了一个由31名具有相关专业知识的专家组成的团队。采用改良的德尔菲法，进行两轮调查以确定主题的优先级。随后，各领域专家小组开会制定建议，最后使用五手指共识法由所有专家进行最终批准轮。在两轮德尔菲法中，所有主题被评定为非常重要（n=12）或重要（n=16），并且全部进入建议制定阶段。28个主题中有27个达成了共识建议。这些建议包括基因面板组成和更新的指导、解决NGS的疾病特异性局限性（例如，重复扩增障碍）、定义最低质量参数以及促进变异解读的共享。每条建议都有真实案例支持。由于国家医疗保健框架和政策的差异，对于哪些患者应或不应接受NGS检测未能达成共识。这些建议的传播预计将提高RND诊断中基因检测和报告的质量，促进实验室间的协调，并使基因检测报告的更容易比较和解读。

**论文解读：基于下一代测序的罕见神经系统疾病基因检测共识建议**

**研究背景与问题**
罕见神经系统疾病（RND）具有显著的临床和遗传异质性，下一代测序（NGS）技术已成为快速、经济高效的诊断工具，并逐渐成为一线检测方法。然而，NGS工作流程的复杂性——包括文库制备、测序质量与深度、生物信息学分析、变异解读及临床报告——导致实验室间存在显著变异性，可能使不同机构和国家患者获得不一致的检测结果。欧洲罕见神经系统疾病参考网络（ERN-RND）自2017年成立以来，致力于提高欧盟内高质量基因检测的可及性，并于2021年起实施年度NGS诊断外部质量评估（EQA）计划。首轮EQA发现，在方法学、数据解读和报告等所有主要领域均存在显著差异，亟需通过制定最低标准来进一步协调。尽管已有针对NGS检测的广泛指南，但RND具有特殊特点：突变机制多样（包括单核苷酸变异（SNV）和结构变异如重复扩增）、遗传和表型异质性高，以及成人发病神经退行性疾病的（预测性）基因检测需考虑特定临床情境。现有指南多基于分子检测领域专家，而本研究旨在纳入更多元背景的利益相关者，以制定更适应临床实践的建议。

**研究内容与结论**
研究人员基于ERN-RND的EQA计划经验，识别出28个需要建议的主题，并组建了由31名专家（涵盖临床遗传学、神经学、生物信息学、实验室诊断、质量保证、患者倡导等多元领域，代表11个欧洲国家）组成的工作组（WG）。采用改良德尔菲法进行两轮优先级调查，所有主题均被评定为“重要”或“非常重要”。随后，四个专题小组（方法学、解读、报告、临床实施）分别制定建议草案，并通过在线问卷进行初步评分。最终，在2025年5月的共识会议上，使用五手指共识法对评分低于9.0的7个主题进行讨论和修正，最终对27个主题达成共识。唯一未达成共识的主题是关于“NGS检测的临床情境”，即是否应限制NGS检测于特定患者（如早发、家族性、综合征性病例），由于各国医疗框架和政策差异，未能达成一致。这些建议包括：基因面板组成与更新指导、NGS疾病特异性局限性（如重复扩增障碍）的处理、最低质量参数定义、变异解读共享促进等，每条建议均附有真实案例支持。该论文发表于《European Journal of Human Genetics》。

**主要关键技术方法**
本研究采用改良德尔菲法进行两轮调查以确定主题优先级，使用五手指共识法进行最终建议批准。工作组成员来自ERN-RND及相关合作机构，包括临床遗传学家、神经学家、生物信息学家、质量保证专家、患者组织代表等，覆盖11个欧洲国家。建议制定基于2021年起年度运行的ERN-RND内部NGS诊断EQA计划所观察到的弱点。没有特定样本队列，但EQA涉及多个实验室的实际检测数据。

**研究结果**
- **Selection of areas of importance in NGS testing of RNDs**：基于EQA计划观察到的弱点，识别出28个潜在主题。通过两轮德尔菲调查，所有主题均被WG成员评定为重要（n=16）或非常重要（n=12），并全部进入建议制定阶段。
- **Best practice recommendations for NGS in genetic diagnostics of RNDs**：四个专题小组共制定28条建议陈述。初始投票中，21条陈述平均评分超过9.0，达成高度共识；其余7条经在线共识会议或邮件讨论（使用五手指法）后，其中6条经修改后达成共识（所有成员评分≥3）。唯一未达成共识的主题是“NGS检测的临床情境”，最终仅列出27条建议。这些建议涵盖方法学（如基因面板更新、质量参数）、解读（如重复扩增、变异共享）、报告（如内容标准化）和临床实施（如适用性指导）。

**讨论与结论**
讨论部分强调，这是首套专门针对RND的NGS诊断专家共识建议，反映了跨学科利益相关者的参与，有助于将技术标准与临床效用、实验室可行性、伦理框架及患者中心护理相结合。建议的制定过程严谨，通过德尔菲法和五手指共识法确保了来自11个欧洲国家专家的共识。唯一未达成一致的主题（谁应接受检测）反映了不同观点：部分专家主张限制检测于高概率单基因病因患者，而另一些专家则支持无限制使用NGS作为一线检测。建议旨在通过ERN-RND的EQA计划直接监测实施情况，形成反馈循环，促进欧洲乃至全球的检测协调。结论部分指出：这项工作代表了建立RND基因诊断质量控制标准的全面、共识驱动且可实施的努力。通过直接整合到RND NGS EQA计划并与利益相关者优先级对齐，这些建议为欧洲及全球NGS诊断的可测量改进和长期协调提供了蓝图，从而有助于改善患者护理。