《Poultry Science》：The physiological drivers of commercial broiler chicken performance uncovered with transcriptomics analyses and a novel pathway activation method
编辑推荐：
摘要导致家禽生长表现不佳的因素往往较为微妙，难以识别。这项概念验证研究通过分析鸡的空肠和肝脏组织的转录组数据，旨在了解不同最终生长性能的肉鸡群体之间的差异。研究采用了两种通路分析方法并进行比较，分别是基因集富集分析（GSEA）和基于拓扑结构的定量通路激活分析（QPA，Biofra
摘要
导致家禽生长表现不佳的因素往往较为微妙，难以识别。这项概念验证研究通过分析鸡的空肠和肝脏组织的转录组数据，旨在了解不同最终生长性能的肉鸡群体之间的差异。研究采用了两种通路分析方法并进行比较，分别是基因集富集分析（GSEA）和基于拓扑结构的定量通路激活分析（QPA，Biofractal公司，葡萄牙）。研究选取了来自四个不同养殖场的Ross-708肉鸡，这些养殖场在28日龄时的饲料转化率存在差异。根据63日龄时的生长表现，这些养殖场被归为高表现组（n=2）和低表现组（n=2）。高表现组养殖场的最终饲料转化率为1.901和1.914，而低表现组则为1.923和1.951。高表现组养殖场的鸡只最终体重分别为4,246克和4,309克，低表现组则为4,096克和4,188克。高表现组养殖场的鸡只隐窝深度更低（270微米对比381微米），绒毛长度与隐窝深度的比值更高（3.95对比2.69），差异具有显著性（P<0.05）。GSEA和QPA分析显示，与高表现组鸡只相比，低表现组鸡只的空肠和肝脏中的免疫功能更为活跃，而营养代谢则受到抑制。QPA分析结果表明，低表现组鸡只的营养状况相对较差，其肝脏中的能量、脂质和氨基酸代谢受到抑制，空肠中的消化吸收过程也受到限制。GSEA和QPA数据均表明，低表现组鸡只处于细胞应激状态。GSEA将这种应激表现为与热应激相关的通路，而QPA则检测到缺氧和氧化应激是导致细胞应激的原因，这两者都与低表现组鸡只最终体重较轻直接相关。综上所述，来自商业肉鸡养殖场的转录组数据有助于深入了解肉鸡的健康状况和营养状况。定量通路激活分析方法以及对生化通路的更精准功能注释，为实际应用提供了巨大潜力，比如识别影响生长表现的瓶颈因素，以及评估营养干预措施的有效性。
L.F. Romero|C.E.C. Blue|D.A. Fenster|D. Ritter|L. Payling|K. Patel|R.A. Dalloul
