“旅行者”：在排序的基序距离空间中对长读长混合物种测序样本进行快速分类鉴定

《Genome Biology》：Voyager: rapid taxonomic characterization of long-read mixed-species sequencing samples in sorted motif distance space

　　

摘要

Voyager是一种新型算法，它能快速将存在插入和删除错误的长序列读段与已知的生物数据库进行匹配，从而补充实时测序的不足。该算法利用排序基序距离空间——即按等级排序的短基序精确匹配之间的距离——以高度压缩且计算效率高的方式表示序列相似性，同时还能实现菌株级别的区分。Voyager还包含一种去卷积算法，可用于区分亲缘关系相近的基因组。在15个数据集中，它的平均物种级识别准确率可达99%，优于所有其他测试方法。此外，Voyager的CPU运行时间与目前最快的方法相当，但所需内存却不到后者的一半。