基于局部遗传距离的犬/猫冠状病毒基因分型qPCR方法

《Virology Journal》：Local genetic distance-guided qPCR method for genotyping canine/feline coronaviruses

　　

摘要

犬冠状病毒（CCoV）和猫冠状病毒（FCoV）在宠物中具有高度传染性。然而，由于这两种冠状病毒的基因组重组和突变，其精确诊断尤其是基因型鉴定面临诸多困难。在此，我们解决了这些问题，开发了一种简单的实时定量聚合酶链反应（qPCR）方法，可用于主要CCoV和FCoV的基因型鉴定，并初步调查了狗和猫群体中的流行情况。通过进化分析和全基因组遗传距离分析，我们找到了每种基因型特有的局部保守基因组区域，包括代表性的CCoV（亚）基因型（I、IIa、IIb和IIc）以及FCoV基因型（I和II）。针对这些保守区域，我们设计了特定基因型的引物对，并通过计算机BLAST分析、PCR熔解曲线分析及测序分析进行交叉验证。这些引物对被用于开发一种简单的qPCR方法，进而用于中国成都地区潜在CCoV和FCoV的基因型鉴定。结果显示，有62.71%的有症状狗（n?=?59）和66.00%的有症状猫（n?=?50）检测呈阳性，且在2024–2026年间，CCoV-I和FCoV-I是其宿主中的主要基因型。有趣的是，许多狗和猫分别对多种CCoV和FCoV基因型检测呈阳性，还存在狗体内检测到FCoV RNA、猫体内检测到CCoV RNA的情况。总体而言，我们建立了一种基因型鉴定qPCR方法，可在单一分析流程中检测CCoV和FCoV（亚）基因型，每种基因型只需一个反应。