全基因组SNP分析揭示了斯氏按蚊的种群结构与遗传差异

《Parasitology Research》：Genome-wide SNP analysis identifies population structure and genetic differentiation in Anopheles stephensi

　　

摘要

Anopheles stephensi是南亚和阿拉伯半岛地区重要的城市疟疾传播媒介，近期已扩散到多个非洲国家，引发了严重的公共卫生问题。了解其遗传结构对于追踪其入侵路径至关重要；然而，由于尤其是其原产地印度的全基因组数据较为匮乏，种群遗传学研究一直受到限制。在此，我们对来自印度南部的5个An. stephensi样本进行了测序，并将其与来自印度和埃塞俄比亚的33个公开可用的基因组数据集结合，以便比较原生种群和入侵种群的差异。通过对38个样本的全基因组分析，发现印度和埃塞俄比亚样本之间的遗传多样性更高，且存在大规模的种群分化现象。不同地区之间的遗传分化程度为中等（FST = 0.14）。在各个种群之间共有813个SNP是固定不变的（FST = 1），其中586个存在于埃塞俄比亚样本中，227个存在于印度样本中。一些固定的SNP集中在与感觉感知、离子转运、发育以及转录调控相关的基因上，这些区域可能是导致种群特异性分化的候选基因组区域，值得进一步研究。总体而言，这些结果证明了原生种群和入侵种群之间存在遗传分化，并指出了可能影响An. stephensi种群特异性分化的基因组区域。