阿曼红海藻四种DNA提取方法的比较：对纯度、产量、PCR反应及测序成功率的影响

《Phycology》：Comparison of Four DNA Extraction Protocols for Red Seaweeds from Oman: Impacts on Purity, Yield, PCR, and Sequencing Success

　　

摘要

DNA条形码技术是用于海藻鉴定的可靠方法。然而，高浓度的硫酸化多糖和次生代谢物会阻碍高质量DNA模板的提取。因此，本研究使用了两种红藻（Laurencia dendroidea和Hypnea属物种）以及两个条形码基因（18S rRNA和rbcL），对四种DNA提取方法（CTAB、商业试剂盒、HotSHOT和DNAzol Direct）进行了评估。实验结果显示，不同方法在DNA产量（μg/mg）、DNA纯度（A260/A280）以及DNA浓度（ng/μL）方面存在显著差异（p < 0.05），并且方法与海藻种类之间也存在显著相互作用。DNAzol和HotSHOT产生的DNA总量最高（分别为2.390 ± 0.080和2.234 ± 0.212 μg/mg），其次是CTAB（0.123 ± 0.011 μg/mg）和商业试剂盒（0.007 ± 0.001 μg/mg）。在PCR反应和DNA测序的成功率方面，商业试剂盒的表现最佳，其次是HotSHOT、DNAzol和CTAB。值得注意的是，DNA的浓度和纯度并不总是与PCR反应和测序成功率相关。综合性能、成本和处理时间等因素，HotSHOT似乎是用于鉴定Laurencia和Hypnea属海藻的最实用方法。本研究填补了红藻分子鉴定领域的这一空白，为选择合适的DNA提取方法用于海藻条形码分析提供了参考。