隆重介绍GalaxyR：一款易于使用的Galaxy API的R语言实现版本

《BMC Bioinformatics》：Introducing GalaxyR: an easy-to-use R implementation of the Galaxy API

　　

摘要

背景

在数据密集型的科学研究中，标准化、可访问性和可重复性仍是长期存在的挑战。Galaxy平台通过提供一个基于网络的环境来执行、共享和发布计算工作流，从而解决了这些问题，不过目前程序化访问主要还是通过BioBlend集中在Python生态系统中。

方法

在此，我们介绍了GalaxyR，这是一个专为R语言设计的包，它为Galaxy应用程序编程接口提供了全面且结构化的接口。GalaxyR允许用户直接在R环境中管理历史记录、上传和检索数据、执行工具和工作流、监控任务以及查看结果。通过将Galaxy的可扩展计算基础设施与R语言广泛采用的数据分析生态系统相结合，GalaxyR能够在无需本地高性能计算资源的情况下，实现自动化、可重复且高效能的工作流。该包支持基于HTTPS和FTP的数据传输，具备强大的历史记录和数据集管理功能，还能在多个Galaxy实例之间进行程序化的工作流协调。

结果

一个应用示例展示了如何使用GalaxyR对基于无人机的激光扫描数据进行大规模处理，其中计算成本较高的树状结构分割任务交由Galaxy基础设施处理，而工作流控制和预处理则通过在R语言中编写几行代码即可完成。

结论

因此，GalaxyR为R语言用户填补了重要空白，极大地提升了他们使用Galaxy平台进行分析的能力，同时也推动了生物信息学、生态学、遥感及相关数据驱动学科领域中可扩展、可重复的研究发展。