阿联酋的先天性免疫缺陷基因型：一项回顾性研究

《Journal of Clinical Immunology》：Inborn Errors of Immunity Genotype: A Retrospective Study from the United Arab Emirates

　　

摘要

先天免疫缺陷病在中东和北非地区导致了较高的疾病发生率，尤其是在阿拉伯联合酋长国，那里的高近亲结婚率使得常染色体隐性遗传病及复杂遗传病的患病率上升。该地区的先天免疫缺陷病相关基因组数据仍然有限，且针对特定人群的变异在全球数据库中体现不足，这限制了诊断的准确性以及精准医疗的实施。我们回顾性分析了阿联酋艾因市两家三级医疗机构十年间被诊断为免疫缺陷相关疾病的2,500名患者。根据先天免疫缺陷病的基因检测报告，共有232名患者（约9%）被纳入分析范围。这些变异是根据美国医学遗传学与基因组学会的指南以及Ensembl和ClinVar等开放获取资源进行标注的，而基因则依据国际免疫学联合会的分类标准进行分类。等位基因频率则是基于gnomAD和阿联酋基因组项目的数据得出的。对于已报告的变异，我们在可能的情况下使用了Franklin、VarSome、ClinGen和HGMD工具进行重新分类。根据最初的报告，共在107个基因中发现了245种与先天免疫缺陷病相关的变异：其中99种（40.4%）为致病变异或可能为致病变异，68种（27.8%）为良性变异或可能为良性变异，78种（31.8%）的变异意义不确定。经过重新分类后，致病变异或可能为致病变异的占比上升至107种（43.7%），意义不确定的变异减少到54种（22.0%），而良性变异或可能为良性变异的占比则上升至76种（31.0%）。出现频率较高的基因包括ATM、DOCK8、RAG1、RAG2、UNC13D、LRBA、MEFV和NLRP3，另有7.8%的患者携带多种与先天免疫缺陷病相关的变异。这项研究提供了阿联酋范围内规模最大的先天免疫缺陷病基因组特征分析之一，同时也表明系统性地重新评估变异有助于提高诊断的准确性，进一步凸显了针对特定人群的基因组资源在精准医疗中的重要性。

图表摘要

对疑似患有先天免疫缺陷病的阿联酋患者群体进行的基因组特征分析。通过查阅2,500份与免疫学相关的临床记录，共找到232名接受过基因检测的患者，这些患者在107个基因中存在245种变异。经过重新评估后，意义不确定的变异从78种（31.8%）降至54种（22.0%），这一结果凸显了区域基因组资源、前瞻性先天免疫缺陷病登记系统以及相关分离和功能研究的重要性。

先天免疫缺陷病在中东和北非地区导致了较高的疾病发生率，尤其是在阿拉伯联合酋长国，那里的高近亲结婚率使得常染色体隐性遗传病及复杂遗传病的患病率上升。该地区的先天免疫缺陷病相关基因组数据仍然有限，且针对特定人群的变异在全球数据库中体现不足，这限制了诊断的准确性以及精准医疗的实施。我们回顾性分析了阿联酋艾因市两家三级医疗机构十年间被诊断为免疫缺陷相关疾病的2,500名患者。根据先天免疫缺陷病的基因检测报告，共有232名患者（约9%）被纳入分析范围。这些变异是根据美国医学遗传学与基因组学会的指南以及Ensembl和ClinVar等开放获取资源进行标注的，而基因则依据国际免疫学联合会的分类标准进行分类。等位基因频率则是基于gnomAD和阿联酋基因组项目的数据得出的。对于已报告的变异，我们在可能的情况下使用了Franklin、VarSome、ClinGen和HGMD工具进行重新分类。根据最初的报告，共在107个基因中发现了245种与先天免疫缺陷病相关的变异：其中99种（40.4%）为致病变异或可能为致病变异，68种（27.8%）为良性变异或可能为良性变异，78种（31.8%）的变异意义不确定。经过重新分类后，致病变异或可能为致病变异的占比上升至107种（43.7%），意义不确定的变异减少到54种（22.0%），而良性变异或可能为良性变异的占比则上升至76种（31.0%）。出现频率较高的基因包括ATM、DOCK8、RAG1、RAG2、UNC13D、LRBA、MEFV和NLRP3，另有7.8%的患者携带多种与先天免疫缺陷病相关的变异。这项研究提供了阿联酋范围内规模最大的先天免疫缺陷病基因组特征分析之一，同时也表明系统性地重新评估变异有助于提高诊断的准确性，进一步凸显了针对特定人群的基因组资源在精准医疗中的重要性。

图表摘要

对疑似患有先天免疫缺陷病的阿联酋患者群体进行的基因组特征分析。通过查阅2,500份与免疫学相关的临床记录，共找到232名接受过基因检测的患者，这些患者在107个基因中存在245种变异。经过重新评估后，意义不确定的变异从78种（31.8%）降至54种（22.0%），这一结果凸显了区域基因组资源、前瞻性先天免疫缺陷病登记系统以及相关分离和功能研究的重要性。