利用疾病非依赖性基因组液体活检于复杂诊断中：cfChIP-Seq在发热待查中的真实案例

《JCO Precision Oncology》：Using Disease-Agnostic Genomic Liquid Biopsy in Complex Diagnoses: Real-Life Example of cfChIP-Seq in a Fever of Unknown Origin

　　

无创性液体活检方法的出现旨在革新诊断流程。多数液体活检进展集中于针对具体诊断问题的检测，如遗传异常（例如无创产前检测）、疾病特异性检测（例如结直肠癌检测）及患者个体化检测（例如肿瘤复发、移植器官排斥）。此类检测属于定义明确的实验室检测范畴，具有既定结果范围，并依据明确临床指标接受评估与监管。临床亦可受益于另一类疾病非依赖性液体活检，其提供丰富信息以评估多种状况与病理。不同于多癌种早筛检测，此类方法不仅检测疾病列表，还报告底层分子实体，如RNA、非人源DNA、片段组学及表观遗传学。就其本质，此类检测反映患者复杂分子状态，可发挥类似传统活检的作用：病理报告描述一系列发现，既可明确特定病理，亦可在证据不足时缩小诊断假设范围。下文通过一例应用细胞游离染色质免疫沉淀测序（cfChIP-Seq）于发热待查（FUO）患者的案例阐释该概念；该检测提供对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的快速明确诊断，若更早纳入诊断流程（图1），或可改变临床结局。

研究背景方面，无创液体活检多聚焦于具体诊断问题，而疾病非依赖性液体活检可报告底层分子实体（如RNA、非人源DNA、片段组学、表观遗传学），反映患者复杂分子状态，扮演类似传统病理活检的角色。发热待查（FUO）诊断困难，感染与炎症居前，恶性肿癌亦可伪装为FUO，既使详查仍可达51%病因未明；有乳腺癌史者FUO需鉴别复发或继发造血系恶性肿瘤。现有常规手段（血尿检、影像、腰穿、骨髓及多处穿刺活检）常耗时且侵入性，未必及时定位。

研究人员开展一项真实案例研究，对象为50岁女性，既往Ⅰ期三阳性乳腺浸润性导管癌治疗后缓解，因2周发热伴会阴感觉异常入院，逐步出现尿潴留、粪失禁及脊髓减压术，全身CT示肝脾大，PET-CT见多灶高代谢，多处活检未明，骨髓涂片阴性。入院约3周采血行cfChIP-Seq（由Senseera Ltd执行，改进捕获与信背比），比对健康约1200例队列，分析H3K4me3启动子信号。

主要技术方法：采用血浆细胞游离核小体H3K4me3靶向免疫沉淀联合下一代测序（cfChIP-Seq），序列比对hg19（bowtie2，去重低分），按转录起始位点（TSS）分窗定量，以健康队列分布做Benjamini-Hochberg假发现率校正；富集分析借Enrichr比对ARCHS4组织/细胞系及GO生物过程库；外部对照取自Roadmap Epigenomics的B细胞H3K4me3与Blueprint/IHEC的DLBCL H3K4me3公开ChIP-Seq样本。样本为单例FUO患者血浆及后续盆腔淋巴结活检组织。

研究结果如下。

病例报告：患者乳腺瘤史缓解中，FUO伴神经症状，常规感染/风湿/影像/腰穿/骨髓均非特异，PET-CT提示快速进展恶性可能，但肾上腺/眼眶病灶难穿刺；图1时间轴显示自第0天入院至第27天死亡前诊断未定。

cfChIP-Seq作为诊断工具：该方法利用血浆主要细胞游离DNA（cfDNA）呈核小体形态，免疫沉淀活性启动子关联片段测序，可溯源细胞类型与状态特异性启动子，既往已验证心肌成纤维、肝细胞及多癌种特异信号。

本例cfChIP-Seq应用：患者样本较健康队列现636个显著高信号启动子（fold change>4，q<10^?3）；Enrichr显示CD19⁺ B细胞及B细胞增殖过程富集，细胞系库最强匹配DLBCL来源PFEIFFER系；对比公开B细胞/DLBCL ChIP-Seq，患者于DLBCL特异基因（如RGS13、HTR3A）高信号（327个DLBCL特异基因中111个命中，P<10^?62）。次日超声引导盆腔包块活检病理示中等至大异型淋巴细胞片样增生，CD20⁺/LCA⁺/CD3^?/Ki67 40%，后补bcl-6/MUM-1阳性，确诊非生发中心（活化B细胞型）DLBCL。患者于化疗次日死亡。

讨论部分总结：本例彰显无假设、全基因组cfDNA表观启动子谱在FUO中数日内定位DLBCL的价值，优于多处侵入操作；若早期应用或可改观。液态活检系统性强，但依赖病灶cfDNA释放量。研究环境周转4天，成熟后可达24小时。方法疾病非依赖，借机制关联（启动子H3K4me3≈起源细胞表达）调用公共表达库与AI潜力，类比病理报告需语境。结论原文意译：cfChIP-Seq在此例提供诊断关键拼图；若临证早用，或可早启治疗、弱化乳腺癌复发假设并引导扩寻活检。精准医学时代此类液体活检入常规不可避免，虽需大样本校准，本类突破案例为诊断转型催化。

论文发表于《JCO Precision Oncology》。