珊瑚礁退化与番茄海葵鱼肠道微生物群的改变有关

《Regional Studies in Marine Science》：CORAL REEF DEGRADATION IS ASSOCIATED WITH GUT MICROBIOME SHIFTS IN THE TOMATO ANEMONEFISH AMPHIPRION FRENATUS

　　

• •
  研究了环境退化对海葵鱼相关微生物组的影响
• •
  肠道微生物组的多样性相似，但在ASVs和丰富度方面存在差异
• •
  来自清洁区域的鱼类中，厚壁菌门和能量获取途径更为丰富
• •
  来自退化区域的鱼类中，变形菌门和浮游菌门的比例更高
• •
  海湾特有的饮食或环境是否会影响由微生物组驱动的碳氮循环？

章节节选

引言

微生物共生对动物生物学具有重要意义，它们能为动物提供营养补充和维生素（Kau等人，2011），帮助宿主抵御病原体入侵（Buffie和Pamer，2013），还能影响宿主行为（Ezenwa等人，2012；Gilbert等人，2016）。虽然体内微生物组包含来自多个器官或组织的微生物，但大部分似乎与消化系统和呼吸系统有关（Woodhams等人，2020）。胃肠道微生物组的重要性

研究设计

用于微生物组分析的鱼类肠道样本取自两个珊瑚礁退化程度不同的海湾：1）相对受破坏严重的芽庄海湾（NTB），2）相对原始的万峰海湾附近区域（VPB）。将NTB和VPB视为环境差异显著的区域，是基于以往的研究结果以及相关环境观察。具体而言，NTB被认为是一个受到严重影响的珊瑚礁系统

鱼类体长

鱼类的总体长在1.82厘米到13.87厘米之间，NTB地区的鱼类平均体长为7.63±3.83厘米，而VPB地区的鱼类平均体长为6.48±2.87厘米（见表1）。统计分析显示，两个海湾的鱼类体长没有显著差异（t检验，t=0.806，p=0.377）

两个海湾中鱼类肠道微生物组的组成及生物多样性指标

经过质量筛选和生物信息学处理后，共有48,666,070个高质量序列被保留下来用于分析。每个样本的序列数量在3,783到500,358之间（见表S3）。不同的ASV总数为

讨论

本研究首次对比分析了越南中部两个生态条件不同的海湾中Amphiprion frenatus的肠道微生物组，这两个海湾分别是芽庄海湾（NTB）和万峰海湾（VPB）。通过结合对宿主海葵及鱼类群落的生态调查，以及基于高分辨率ASV的微生物分析，我们的研究结果表明，栖息地状况和环境背景的差异会影响到这种海葵鱼的微生物多样性及其分类组成

结论

研究结果表明，宿主种群所处的环境条件和生态背景，会对与四色泡状海葵共生的A. frenatus的肠道微生物组的组成和功能产生显著影响。生活在VPB的海葵鱼拥有更高的微生物多样性，且其微生物具有独特的功能，这可能表明该地区的生态系统比NTB更为稳定，而NTB的珊瑚礁则遭受了严重的破坏

未引用参考文献

（Abellan-Schneyder等人，2021）

CRediT作者贡献说明

Hai-Thanh Thi Nguyen：写作——初稿撰写、可视化、项目管理、方法设计、研究实施、资金筹集、正式分析、概念构思。Anze Abram：写作——审阅与编辑、研究实施。Fabian G?sser：写作——审阅与编辑、初稿撰写、验证。James Davis Reimer：写作——审阅与编辑、监督、研究实施、资金筹集、概念构思。Viet Do Hung Dang：写作——审阅与编辑、研究实施。Tran Duc Dien：

关于写作过程中使用生成式AI和AI辅助技术的声明

作者（HTTN）在准备手稿讨论部分时，使用了ChatGPT来检查某些段落的连贯性和清晰度。所有作者都对文章内容负责。

利益冲突声明

作者声明自己不存在任何可能影响本文研究结果的已知财务利益或个人关系。

致谢

我们感谢Huynh Trung Thao在NTB地区的野外工作及文书处理方面给予的帮助。本研究得到了Nagao自然环境基金会对HTTN和JDR的资助；Ktest公司[合同编号02/H?/KT-GRANT 2023]的资助；以及越南-俄罗斯热带科学技术联合研究中心[资助编号VB.?1.08/23]的资助。此外，本研究也是为庆祝位于越南庆和省芽庄市的芽庄大学成立50周年而开展的。我们

Hai-Thanh Thi Nguyen|Viet Do Hung Dang|Tran Duc Dien|Anze Abram|Fabian G?sser|James Davis Reimer