生物分子凝聚体可作为固有催化剂

《Molecular Cell》:Biomolecular condensates can function as inherent catalysts

【字体: 时间:2026年08月11日 来源:Molecular Cell 16.0

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  生物分子凝聚体拥有独特的溶剂环境。这被假定为会影响生化活性。本文报道了由固有无序蛋白形成的凝聚体具有固有催化功能的发现。这些蛋白本身没有任何催化活性。凝聚体的催化功能作为相分离依赖的中尺度电化学微环境的结果而出现。凝聚体可介导多种类型的生物学相关底物的水解。通

  
生物分子凝聚体拥有独特的溶剂环境。这被假定为会影响生化活性。本文报道了由固有无序蛋白形成的凝聚体具有固有催化功能的发现。这些蛋白本身没有任何催化活性。凝聚体的催化功能作为相分离依赖的中尺度电化学微环境的结果而出现。凝聚体可介导多种类型的生物学相关底物的水解。通过序列设计在凝聚体界面富集选择性残基,界面电化学特性(如界面电场与水活度)被证明可控制催化行为。活细胞中的合成凝聚体表现出水解活性,重塑转录谱并激活依赖于水解产物的基因回路。总之,这些发现支持一种模型,即生物分子凝聚体作为“凝聚酶(condenzyme)”发挥作用,在细胞中贡献涌现的生化功能。
研究背景与立项依据
生物分子凝聚体(biomolecular condensate)通过液-液相分离(LLPS)形成,可浓缩小分子与生物大分子,传统观点认为其主要功能是区室化与组织生化反应。然而凝聚体内部与界面存在由相平衡导致的离子不对称分配、界面双电层与界面电场、pH梯度及水活度差异等中尺度电化学微环境,类比胶束化学与水微滴自发氧化还原现象,提示凝聚体可能超越“容器”角色,具备固有催化能力。已有研究提示凝聚体界面可调制氧化还原反应,但凝聚体能否作为无酶催化中心驱动水解等反应尚未被系统证明。研究人员在《Molecular Cell》发表工作,验证由固有无序蛋白(IDP)形成的凝聚体本身(蛋白无催化残基)可通过相分离涌现水解催化功能,并提出“凝聚酶(condenzyme)”概念。
主要关键技术方法
研究人员采用从头设计的IDP(基于弹性蛋白样多肽RLP等骨架),结合粗粒化模拟指导序列设计;利用密度泛函理论(DFT)计算与电子Stark效应解析界面电场对过渡态的作用;使用受激拉曼光谱(SRS)测绘凝聚体内部与界面水氢键网络及水活度;在体外相分离体系与活细胞(含敲除细胞株、合成基因回路与细胞裂解液 assay)中定量水解动力学;以多种生物学相关底物(酯类、磷酸单酯等)评估普适性与选择性。
研究结果
水解反应可被凝聚体催化
研究人员以RLP等IDP形成凝聚体,证实相分离后体系可加速ATP类似物、乙酸酯、磷酸单酯等底物水解,而单体溶液或热变性破坏相分离后活性消失,表明催化依赖于凝聚体形成而非蛋白氨基酸侧链化学。
相分离依赖的催化功能激活
通过调控盐浓度、IDP电荷块模式与临界聚集浓度,研究人员发现催化速率随相分离程度(界面面积/密度)非线性上升;破坏LLPS则催化丧失,证明催化是相分离依赖的涌现性质。
凝聚体电化学微环境调谐催化性能
DFT与Stark效应测量表明,凝聚体界面存在107–108 V/m量级界面电场,使水解过渡态偶极沿电场对齐,降低活化能;SRS显示界面水氢键数少于本体水,水活度下降,进一步稳定亲核水分子。序列设计在界面富集Arg/Lys或Asp/Glu可分别调变电场方向与底物取向,从而调谐kcat/KM
凝聚酶重编程细胞信号
在活细胞中表达合成IDP形成凝聚体,研究人员观察到内源酯类底物水解上升,转录组出现水解产物依赖的重编程,合成基因回路(水解产物作为诱导剂)被激活;敲除内源相分离因子不影响外源condenzyme活性,证明该功能是凝聚体自身电化学属性驱动而非宿主酶污染。
讨论与结论翻译
研究人员讨论指出,传统酶催化依赖纳米级活性中心静电预组织,而凝聚体提供中尺度(mesoscale)界面电场与异常水环境,构成“无活性位点催化剂”。该机制解释了为何无催化残基的IDP凝聚体仍具水解能力,也连接了微滴化学与细胞内相分离物理化学。结论部分明确:由催化失活IDP形成的生物分子凝聚体可通过电化学微环境驱动生化反应水解,此类凝聚体应被命名为“凝聚酶(condenzyme)”,其在细胞中贡献涌现生化功能,为理解相分离体的非区室化功能、合成细胞内反应器设计及信号重编程提供了新范式。
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