双重厌氧菌覆盖疗法的使用与药物耐药性、不良反应以及医院成本的增加有关。针对腹腔内感染，指南并不推荐使用双重厌氧菌覆盖疗法。这一点很重要，因为所使用的抗菌药物必须对在腹腔内感染中起主要作用的厌氧菌——脆弱拟杆菌群具有可靠的杀灭作用。随着抗菌药物耐药性的增加，一些原本被认为具有有效厌氧菌杀灭作用的药物就不应再被用于经验性治疗腹腔内感染，这些药物包括莫西沙星、克林霉素以及第二代头孢菌素，如头孢西丁和头孢替坦。如果这些药物是用于针对非厌氧菌的微生物进行针对性治疗，那么就需要额外的可靠厌氧菌覆盖疗法。而碳青霉烯类、甲硝唑以及β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂则具有可靠的厌氧菌杀灭作用，尽管也有报道指出这些药物也存在一定的耐药性。不过，这种程度的耐药性还不足以成为使用双重厌氧菌覆盖疗法的经验性依据；但需注意的是，不同β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂的厌氧菌杀灭效果存在差异，尤其是氨苄西林-舒巴坦，在世界不同地区已发现有耐药现象。因此，尤其是在处理严重感染时，应根据当地的抗菌药物耐药情况选择更有效的经验性治疗药物。哌拉西林-他唑巴坦具有足够的经验性厌氧菌覆盖作用，可单独用于治疗由脆弱拟杆菌群引起的腹腔内感染。其他适合用于腹腔内感染的经验性治疗方案还包括头孢曲松或头孢吡肟联合甲硝唑。
只有在某些特定临床情况下才考虑使用两种具有厌氧菌覆盖作用的药物，比如在坏死性筋膜炎的治疗中，使用克林霉素与β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂，是其抗毒素作用而非厌氧菌杀灭作用所致。
在本期研究中，Raymond及其同事研究了腹腔内感染患者术后采用的双重厌氧菌覆盖疗法的情况。研究人员选取了134名患者，将其分为双重厌氧菌覆盖组与单一厌氧菌覆盖组，两组各57人。研究的主要指标包括住院时间、术后院内并发症以及出院后30天内因术后并发症而再次入院的情况。在胃肠道穿孔病例中，双重厌氧菌覆盖疗法的使用率更高（38.8%对比16.4%，P = 0.004）；在急性阑尾炎穿孔病例中，这一比例也为23.9%对比10.4%，P = 0.039）。而在急性胆囊炎病例中，单一厌氧菌覆盖疗法的使用率更高（37.3%对比9%，P = 0.039）。采用双重厌氧菌覆盖疗法的治疗时间明显长于单一厌氧菌覆盖疗法（中位数分别为9天，四分位数范围为6–14天，而单一厌氧菌覆盖疗法的中位数为5天，四分位数范围为3–7天；P < 0.001）。单变量分析显示，采用双重厌氧菌覆盖疗法的患者的住院时间更长（中位数分别为9天对比5天，比值比为1.13；95%置信区间为1.05–1.21；P < 0.001），术后院内并发症发生率也更高（25.4%对比9%；比值比为3.46；95%置信区间为1.27–9.42；P = 0.015）。在采用双重厌氧菌覆盖疗法的组别中，最常见的术后院内并发症为脓毒性休克（16.4%）、术后感染（6%）以及手术部位感染（3%）。双重厌氧菌覆盖疗法虽能降低术后30天内因并发症而再次入院的比例，但这一差异并无统计学意义。在采用单一厌氧菌覆盖疗法的组别中，最常见的术后院内并发症为术后感染（6%）、脓毒性休克（1.5%）以及手术部位感染（1.5%）。至于次要研究指标，采用单一厌氧菌覆盖疗法的患者没有出现院内死亡病例，也没有发生医院获得性艰难梭菌感染。而采用双重厌氧菌覆盖疗法的患者，院内死亡率为6%，医院获得性艰难梭菌感染率为1.5%。这项研究表明，双重厌氧菌覆盖疗法的临床治疗效果不如单一厌氧菌覆盖疗法。
抗菌药物合理使用对于规范双重厌氧菌覆盖疗法的处方行为至关重要，它不仅会影响患者的预后，还会影响相关医疗成本。美国联合委员会制定的抗菌药物合理使用管理标准已于2023年1月1日更新了部分考核内容。其中一项要求就是对特定抗生素的使用实施预先审批，或是对抗生素的处方行为进行事后评估并给予反馈。对于那些同时使用多种具有厌氧菌杀灭作用的抗菌药物的患者，可作为开展事后审计与反馈的合适对象。仅靠宣传教育并不足以减少双重厌氧菌覆盖疗法的使用。
