《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》：A cross-sectional study of avian influenza virus in poultry markets of Guangdong China, 2025
编辑推荐：
背景：中国广东省是禽流感病毒（avian influenza virus, AIV）出现的关键中心，H5N1和高致病性H7N9首次在此地被发现。监测该地区AIV基因型分布和遗传多样性对于提供早期预警和降低人类感染风险至关重要。方法：2025年5月，研究人员在广
背景：中国广东省是禽流感病毒（avian influenza virus, AIV）出现的关键中心，H5N1和高致病性H7N9首次在此地被发现。监测该地区AIV基因型分布和遗传多样性对于提供早期预警和降低人类感染风险至关重要。方法：2025年5月，研究人员在广东省4个代表性城市开展了一项横断面研究。从23个活禽市场（live poultry markets, LPMs）收集了500份环境拭子和45份废水样本。样本经甲型流感病毒（influenza A virus, IAV）筛查，并对H5、H7和H9进行亚型鉴定。采用下一代测序（next generation sequencing, NGS）和系统发育分析来表征病毒多样性和人畜共患潜力。结果：AIV在49.2%（246/500）的环境样本中检出。H9是优势亚型（38.2%），其次是H5（3.2%）和H7（0.8%）；2.4%的阳性样本显示多亚型共存。非限制区市场（80.0%）和废物储存区（68.4%）被确定为主要的污染热点。系统发育分析显示，H5和H9病毒正在积累与增强人类型受体亲和力相关的突变。值得注意的是，H5和H6序列表现出较长的内部分支，并与来自其他亚洲国家的分离株聚集，而非国内毒株，这突显了当前国内分子监测的重大空白以及这些基因型缺乏连续的进化数据。结论：广东省LPMs中持续存在广泛的AIV污染，以H9为主，低水平循环高致病性亚型。所识别的H5/H6监测空白以及多亚型环境的存在，强调了迫切需要加强综合分子监测和更严格的市场监管以降低公共卫生风险。
**论文解读：2025年广东省活禽市场禽流感病毒横断面研究**
**研究背景与目的**
禽流感病毒（avian influenza virus, AIV）对全球家禽业和公共卫生构成持续威胁，其分节段RNA基因组易发生基因重配，尤其在多亚型共循环的家禽环境中。广东省作为AIV全球生态关键区域，历史上曾首次鉴定出高致病性H5N1（A/goose/Guangdong/1/1996）和新兴高致病性H7N9变种，加之密集人口、亚热带气候、庞大禽类贸易网络及对活禽的饮食偏好，使其成为AIV监测的前哨地带。然而，近年来该地区缺乏连续、全面的AIV监测数据。本研究旨在回答三个科学问题：①广东省内哪些地理区域目前为AIV污染高风险区？②不同市场类型及摊位功能区域内的病毒污染如何变化？③各AIV亚型的分布特征和分子进化特征如何？研究结果发表于《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》。
**主要关键技术方法**
2025年5月，研究人员在广东省4个代表性城市（东莞、梅州、茂名、清远）的23个活禽市场（live poultry markets, LPMs）开展横断面调查，样本来源包括500份环境拭子（覆盖笼具表面、砧板、粪便、废水、刀具、台面等）和45份废水样本。采用实时荧光逆转录PCR（RT-qPCR）筛查甲型流感病毒（influenza A virus, IAV）并亚型鉴定H5/H7/H9；对循环阈值（Ct）≤32的样本进行病毒分离（鸡胚接种），分离株行全基因组测序；其余样本及废水采用靶向下一代测序（targeted next-generation sequencing, tNGS）结合杂交捕获富集。系统发育分析基于最大似然法构建H5、H6、H7、H9血凝素（hemagglutinin, HA）基因树，并与全球数据库（GISAID、NCBI）序列比对。
**研究结果**
**3.1 活禽市场环境样本中禽流感病毒的检测**
2025年5月，广东省4个代表性城市共收集500份环境样本，IAV总阳性率为49.2%（246/500）。区域分布中，东莞（珠江三角洲）阳性率最高（60.67%），其次为清远（53.75%）和梅州（50.00%），茂名最低（24.00%），差异有统计学意义（χ2=34.648，p<0.001）。
**3.2 活禽市场中病毒亚型分布**
H9亚型检出率最高（38.2%，191/500），其次H5（3.2%，16/500）和H7（0.8%，4/500），另有8.2%为其他亚型。2.44%（6/246）的阳性样本同时存在H5和H9亚型。城市间亚型分布差异显著：东莞和清远多样性较高，梅州仅检出H9，茂名无H5/H7共现。
**3.3 不同样本类型和市场类型的AIV分布**
样本类型中，家禽饮用水（51.85%）、屠宰/展示砧板（51.40%）和“其他”样本（51.69%，包括食槽、刀具、托盘、地面、冰柜、垃圾桶等）阳性率较高，粪便（45.31%）和笼具表面（39.71%）次之，病毒载量（Ct值）在不同样本类型间差异显著（p<0.001）。市场类型中，非限制区市场（活禽交易未禁止）阳性率最高（80.0%），其次为限制区市场（65.33%）、零售市场（51.67%）、批发市场（38.82%），屠宰场最低（10.00%），差异有统计学意义（χ2=55.420，p<0.001）。摊位功能区域中，废物储存区阳性率最高（68.42%），流通区（62.16%）、交易区（51.46%）、屠宰加工区（49.25%）、活禽展示区（47.18%）次之，清洁区最低（26.92%），差异显著（χ2=11.074，p=0.050）。
**3.4 活禽市场废水中AIV分布**
45份废水样本经tNGS分析，IAV相对丰度（reads per kilobase per million mapped reads, RPKM）平均为20.60%，但区域差异大：清远最高（60.10%），梅州（8.95%）、东莞（2.09%）、茂名（0.71%）较低。血凝素亚型组成在废水与环境拭子中显著不同：东莞和茂名分别呈H6和H5单一亚型优势，清远以H6（67.69%）和H3（21.70%）为主，梅州多样性最高（H9占49.18%，H1占23.40%，H4占11.29%）。神经氨酸酶亚型以N2和N6最常见，N1亦有检出。废水监测揭示了常规拭子采样可能低估的H1、H3、H6等亚型循环。
**3.5 AIV的系统发育与分子特征**
基于38条HA序列构建系统发育树：H5序列均属于全球优势分支2.3.4.4b，但未与近期国内分离株聚集，而是与日本、孟加拉国等国际序列形成独立簇，且内部分支较长，提示国内分子监测存在显著时空缺口。H7序列属于欧亚谱系，与2019年辽宁分离株核苷酸同源性92.9%；H9序列均属BJ/94-like谱系（B4.7.2和B4.7.3亚系），与国内多省（河北、湖南、福建、重庆）分离株高度同源，所有H9序列保留L226突变（H3编号），表明对α-2,6-唾液酸受体的亲和力稳定。H6序列形成两个独立簇（ST/339-like和ST/2853-like），主要与东南亚（如越南）分离株聚类，而非国内家禽样本，进一步凸显H6亚型监测盲区。分子特征显示，H5病毒在受体结合位点（receptor-binding site, RBS）的190-螺旋（T192K/I, N193K）和130-loop（N128D, L133R）存在突变，6条序列在抗原位点B携带I166R突变；H9病毒携带N155Y/T193N等突变，共同提示免疫逃逸和跨种传播潜力。
**讨论与结论**
讨论部分指出，H9亚型在广东省的深度地方性流行与国内及亚洲多地研究一致，其作为普适性内部基因供体的风险值得关注。东莞、清远的环境样本中H5/H9共检测表明生态混合容器存在，增加基因重配概率。非限制区市场的高污染验证了贸易限制措施的有效性，但消费者对现宰活禽的偏好导致污染持续。废物储存区作为主要热点强调规范废物管理和“1110”策略（每日清洁、每周消毒、每月休市、零存栏）的必要性。废水监测结合tNGS揭示了H6、H3等低丰度亚型的隐性循环，弥补了常规PCR筛查的局限。系统发育分析中H5和H6序列的国际聚集模式主要归因于国内序列提交不足（2020-2025年间全球提交39,313条H5序列中仅1.4%来自中国，1,085条H6序列中仅6.0%来自中国），而非病毒输入。H7和H9序列与国内毒株高度同源，表明其在家禽贸易网络中持续循环。H5分支2.3.4.4b的哺乳动物嗜性及H9的L226突变等人畜共患风险蛋白标志物，提示持续病毒适应性进化。
**研究结论翻译**
本横断面研究强调了广东省活禽市场中禽流感病毒（主要为H9亚型）的广泛持续污染。多亚型共存（如H5/H9）以及非限制区和废物储存区中显著病毒载量的发现，表明这些环境是病毒重配和人畜共患传播的关键界面。此外，H5和H6亚型系统发育树中长内部分支的检测揭示了国内分子监测的重大时空缺口。未来方向：必须实施涵盖多季节的连续纵向监测以捕捉AIV时空动态；同时，建立整合环境拭子检测与废水监测的综合监测系统对于捕获隐性病毒多样性至关重要。升级市场卫生规范并推广集中屠宰系统仍将是降低新型AIV出现风险、保护公共卫生的必要干预措施。
