《Frontiers in Microbiology》：Genomic epidemiology of the Mycobacterium tuberculosis complex in Fiji reveals community transmission and human Mycobacterium bovis infection
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引言：结核病（Tuberculosis, TB）在斐济仍是重大公共卫生问题，但关于流行结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberculosis complex, MTBC）的基因组数据有限。
方法：研究人员分析了2019–2022年收集的65株
引言：结核病（Tuberculosis, TB）在斐济仍是重大公共卫生问题，但关于流行结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberculosis complex, MTBC）的基因组数据有限。
方法：研究人员分析了2019–2022年收集的65株MTBC分离株，采用全基因组测序（Whole-Genome Sequencing, WGS）以表征谱系分布、药物耐药性与传播模式。
结果：分离株中62株（95.4%）为结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis），3株（4.6%）为牛分枝杆菌（Mycobacterium bovis）。谱系4（Lineage 4, L4）最常见（29/62，46.8%）。基因组分析鉴定出12个传播簇，流行病学关联涉及家庭、学校及邻近社区。多数MTBC分离株（57/65，87.7%）对一线抗结核药物敏感；然而8株（12.3%）携带katG、rpoB、rrs或pncA耐药相关突变。治疗结局显示20例（30.8%）患者失访。
讨论：M. bovis的检出提示潜在人畜共患传播，并凸显常规诊断的局限。这些发现表明MTBC谱系多样且存在局部传播网络，支持将基因组监测整合入斐济TB防控工作。
研究背景与立项依据
结核病（Tuberculosis, TB）由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis, Mtb）引起，居全球单一感染因子致死原因之首。斐济作为太平洋岛国，近期由中高负担过渡为地方性流行，世界卫生组织（World Health Organization, WHO）估计发病率约72/10万。该国虽普及涂片镜检与GeneXpert，但此前从未对循环MTBC开展全基因组测序（Whole-Genome Sequencing, WGS）表征，谱系多样性、传播簇与耐药基因组基础均属未知。2016年曾报告首例耐多药（Multidrug-Resistant, MDR）Mtb，但无持续传播记录。在此背景下，研究人员于《Frontiers in Microbiology》报道首项斐济MTBC基因组流行病学研究，以明确谱系结构、耐药突变及传播动态，为太平洋区域防控提供依据。
主要技术方法概述
研究人员采用回顾性描述设计，样本源自斐济Twomey医院Daulako分枝杆菌参比实验室（Daulako Mycobacterium Reference Laboratory, DMRL）2019、2021、2022年存档非重复培养阳性MTBC分离株（2020年因新冠扰动缺收），便利抽样65株。核心方法依次为：WGS（Illumina NextSeq 2000，150 bp双端）、TB-Profiler v6.0.0指派谱系与耐药突变、Snippy v4.6.0比对H37Rv（NC_000962.3）获核心基因组SNP（Single Nucleotide Polymorphism）比对矩阵、Gubbins屏蔽重组区、fastBAPS聚类、核心SNP距离阈值（0–5近期、6–12可能、>12非近期）判定传播、结合DMRL登记与PATIS临床元数据重构流行病学关联。
研究结果
3.1 斐济实验室确诊TB分离株分布
65株中中央区37株（56.9%）、西区15株、东区8株、北区5株；中位年龄35岁；81.6%为i-Taukei土著；98.5%为新发。说明样本以中央区土著成人新病例为主。
3.2 MTBC种群多样性
62株Mtb中L4占46.8%（29/62），L3为21.0%，L2为17.7%，L1为14.5%；亚谱系以L4.3.3最多（33.9%），其次L1.1.2（12.9%）。3株M. bovis独立散布。证明斐济Mtb谱系高度多样，L4主导但L3占比可观。
3.3 斐济MTBC分离株基因组与流行病学关联
65株核心SNP系统发育示12个基因组簇（<12 SNP）。L1两簇（同户3 SNP、同区8 SNP）；L2两簇（同户0 SNP、跨区亲友7 SNP）；L3单簇7株≤12 SNP，跨越中央/北区，关联学校、邻户、亲友探视；L4七簇14株，含同户0 SNP、同教堂3 SNP、同村4–8 SNP、跨界邻村3 SNP。结论：传播超出家庭，渗入学校、教堂、邻村及跨区移动。
3.4 基因型耐药谱
57株（87.7%）预测全敏；8株携突变——L1与L2各1株rpoB H445L（利福平耐药），L2另2株携katG S315T/ pncA G141P/ rrs A514C（异烟肼/吡嗪酰胺/链霉素），L4.3.3一株inhA启动子C-77T（异烟肼与乙硫异烟胺耐药），3株M. bovis均带pncA（吡嗪酰胺固有耐药）。无贝达喹啉/普托马尼/利奈唑胺突变。耐药跨多谱系独立出现。
3.5 治疗方案与临床结局
63株用标准2HRZE/4HR，1株复发用8月方案，1株利福平耐药用二线。38株治愈（58.5%），7株治疗中死亡（10.8%，均全敏新发），20株失访（30.8%）；3株M. bovis全部失访。失访率偏高且 rural/外岛占比近半。
讨论与结论翻译
研究人员讨论指出：本研究为斐济首次MTBC综合WGS分析，种群多样且呈多局部网络而非单一暴发株；L3首报于太平洋岛国并形成最大跨场景簇（家庭-学校-教堂-邻村-跨区），提示仅家庭接触者追踪不足，需社区主动发现与WGS嵌入常规监测。失访率30.8%高于部分太平洋国家，地理隔离、灾难性花费（约45%家庭）与治疗疲劳共促中断，可能放大耐药传播。耐药率低但跨谱系散在，需早检优化方案。M. bovis人感染3例均失访，常规诊断不能种级区分致误用吡嗪酰胺，结合斐济牛群牛结核上升，须推One Health人-畜-农监测；LAMP等低成本法可补WGS未覆盖时的种级鉴别。局限含仅覆盖10.6%确诊数、非系统抽样、流行病学元数据不全、无表型药敏、缺2020年样本。
结论（译）：本研究提供斐济MTBC首份基因组流行病学表征，显示遗传多样种群与涉及家庭、学校、教堂、邻村及跨区移动的局部传播网；多数分离株药物敏感，但多谱系耐药突变提示新兴耐药风险；人感染M. bovis强调人畜共患与One Health整合监测之必要；农村及外岛高失访率反映就医可及性与治疗保持挑战。综上，整合基因组-流行病学-临床调查可强化监测与靶向干预，在斐济及更广太平洋建立常规基因组监测有助早检暴发、追踪耐药与巩固终结结核战略。
