解析印度百香果木质化病相关病毒，并开发用于检测这些病毒的实时浊度RT-LAMP检测法及多重PCR技术

《BMC Plant Biology》：Deciphering the passion fruit woodiness disease associated viruses in India, and development of real-time turbidimetric RT-LAMP assay and multiplex PCR for their detection

　　

摘要

背景

百香果木化病是印度百香果生产中的主要限制因素，会导致产量和果实品质大幅下降。该病常常与多种病毒感染同时存在，使得诊断和病害管理更为复杂。本研究旨在利用高通量测序和分子诊断技术，对卡纳塔克邦、喀拉拉邦和泰米尔纳德邦等主要百香果种植区的百香果木化病相关病毒进行鉴定。

结果

不同调查地区的病害发生率存在差异，温暖地区的发病率通常更高。通过高通量测序，研究人员成功重建了三种RNA病毒的完整或接近完整的基因组：百香果潜伏病毒（Carlavirus latenspassiflorae）（PLV）、马铃薯S病毒（Carlavirus sigmasolani）（PVS）以及黄瓜花叶病毒（Cucumovirus CMV）（CMV）。系统发育分析显示，所检测到的病毒株与此前报道的菌株之间存在密切关联，而重组和单核苷酸多态性分析则表明这些病毒种群内部具有较高的遗传多样性。实时浊度法逆转录环介导等温扩增试验能够成功检测出这三种病毒，其中PLV的扩增速度最快，病毒载量也最高，其次是PVS和CMV。在16个样本中，有12个地点检测到了百香果潜伏病毒，10个地点检测到了CMV，4个地点检测到了PVS。另有4个地点存在这三种病毒的同时感染。通过单链、双链和多重聚合酶链反应试验，这些病毒特异性引物得到了进一步验证，从而可以在一次反应中同时检测出这三种病毒。这些结果与逆转录环介导等温扩增试验的结果一致，并且通过桑格测序得到了确认。

结论

本研究首次报道了百香果潜伏病毒和黄瓜花叶病毒在印度百香果中的感染情况，同时也首次提供了全球范围内马铃薯S病毒感染该作物的证据。研究结果表明，与百香果木化病相关的混合病毒感染十分普遍，同时本研究还建立了灵敏、可靠且可大规模应用的病毒检测方法。这些成果有助于提升疾病监测水平、完善认证体系，以及制定可持续的百香果生产管理策略。