利用Tracking-seq2技术对CRISPR-Cas的脱靶效应进行超高灵敏度分析

《Nature Communications》：Ultra-sensitive profiling of CRISPR-Cas off-target effects with Tracking-seq2

　　

摘要

在原代人类细胞中准确检测脱靶活性对于确保基因治疗的安全性至关重要，但现有方法往往缺乏足够的灵敏度。为解决这一难题，我们开发了Tracking-seq2这项先进技术，它将外源5′→3′外切酶处理与非同源末端连接（NHEJ）途径抑制剂与原有的Tracking-seq技术相结合。Tracking-seq2在分析各种基因编辑工具的脱靶位点方面具有更高的灵敏度，这些工具包括Cas9、Cas12a、胞嘧啶碱基编辑器（CBEs）、腺嘌呤碱基编辑器（ABEs）以及Prime编辑器（PEs）。更重要的是，Tracking-seq2可直接应用于具有临床意义的原代人类细胞类型，如T细胞和CD34⁺造血干细胞及前体细胞（HSPCs）。此外，我们的研究还发现，基因组变异会导致不同个体之间的脱靶效应存在差异，这凸显了在临床基因编辑应用中进行个性化安全性评估的必要性。Tracking-seq2为在原代细胞中高效检测脱靶效应提供了可靠的平台，其灵敏度可与当前最先进的方法相媲美甚至更优。