基于nCounter平台在乳腺癌mRNA分析中不同EV分离方法的比较研究

《Scientific Reports》：Comparative analysis of EV isolation methods for mRNA profiling using the nCounter platform in breast cancer

　　

摘要

细胞外囊泡来源的mRNA（EV-mRNAs）是液体活检研究中的新兴分析物，但由于其RNA含量较低以及存在共分离的核酸，难以实现可靠检测。我们比较了五种EV分离方法，旨在为利用NanoString nCounter平台进行乳腺癌相关EV-mRNA分析找到合适的工作流程。通过带有预扩增功能的nCounter Breast Cancer 360检测面板，对从混合血浆中提取的EV样本的颗粒产量、RNA回收率以及转录本检测情况进行了评估。同时采用RNase A预处理和提取后的DNase I处理，来检测囊泡外的RNA及残留DNA的影响。DNase I处理显著降低了总计数和检测到的转录本数量，这凸显了在预扩增的EV-mRNA分析中减少残留DNA信号的重要性。在所有测试的方法中，miRCURY（MIR）在经过核酸酶处理后仍能检测到最多的转录本，因此被选为后续分析方法。该工作流程被应用于健康志愿者（n?=?36）、无复发的乳腺癌患者（n?=?36）以及有复发的乳腺癌患者（n?=?31）的血浆样本中，随后还在另一组独立样本中通过RT-qPCR进行了验证。CCL5和HIST1H3H被确定为具有乳腺癌相关性的潜在EV-mRNA候选分子，其中CCL5还显示出与疾病复发相关的特征。这些研究结果表明，结合MIR分离方法和DNase I处理，是一种适用于临床血浆样本中基于NanoString平台进行EV-mRNA分析的实用工作流程。