基于体内iCLIP技术的拟南芥TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE1高分辨率RNA相互作用图谱

《Scientific Data》：A high-resolution RNA interaction atlas of Arabidopsis TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE1 by in vivo iCLIP

　　

摘要

RNA结合蛋白（RBPs）是调控RNA生命周期的关键因子，对植物的生理功能和发育过程具有广泛影响。它们的功能依赖于与RNA的直接相互作用，因此识别其在活细胞中的作用靶标及结合模式对于理解其调控功能至关重要。在本研究中，我们分析了先前已被证实与植物应激颗粒形成相关的拟南芥RBP TUDOR STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE 1（TSN1）的RNA结合特性。通过改进后的单核苷酸分辨率交叉linking和免疫沉淀（iCLIP2）技术，我们绘制出了TSN1在转录组中的结合位点图谱，共发现了1,504个直接的RNA作用靶标，其中大部分为蛋白质编码转录本。序列分析显示存在三种常见的保守序列模式：富含U的序列、富含A的序列以及富含G/U的序列。对这些靶标的功能分析表明，与代谢过程（包括光合作用）以及参与植物免疫反应的激素通路相关的转录本占比较高。这些数据为研究团队提供了在正常非应激生长条件下TSN1的RNA相互作用网络的高分辨率参考资料。