《European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases》：Genomic analysis and clinical characteristics of a seasonal upsurge of Streptococcus pyogenes emm12
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**摘要目的**：化脓性链球菌（*Streptococcus pyogenes*）可引起侵袭性感染，其发病率随时间波动。2023年，全球报告由emm1和emm12型引起的侵袭性化脓性链球菌感染增加。在瑞典南部，也注意到化脓性链球菌emm12型严重感染增加，研究
**摘要目的**：化脓性链球菌（*Streptococcus pyogenes*）可引起侵袭性感染，其发病率随时间波动。2023年，全球报告由emm1和emm12型引起的侵袭性化脓性链球菌感染增加。在瑞典南部，也注意到化脓性链球菌emm12型严重感染增加，研究人员旨在确定此增加是否由单一遗传亚系引起。**方法**：从区域传染病控制中心获取2016年7月1日至2023年6月30日期间通报的严重化脓性链球菌感染数据，包括emm型。对每个季节11月至4月期间回收的所有emm12分离株进行测序，通过核心基因组多位点序列分型（cgMLST）分析，并与国际emm12分离株比较。临床信息从病历中获取。**结果**：在2022/23季节，报告了157例严重化脓性链球菌感染，其中32例（20%）由emm12分离株引起。分析了2016年至2023年的44株emm12分离株。患者中位年龄为45岁；软组织感染是最常见的病灶，两名患者死亡。分离株遗传多样性高，2022/23季节回收的分离株未形成紧密相关的簇。相反，它们与既往季节的分离株及国际分离株（主要来自丹麦）混杂存在。分离株聚类与感染类型或严重程度之间无相关性。**结论**：2022/23季节记录于瑞典南部的emm12感染激增是多克隆性的，提示宿主相关因素可能在这些感染发病率增加中发挥了主导作用。
**论文解读文章**
**研究背景与问题**
化脓性链球菌（Group A Streptococcus, GAS）是一种人类病原体，可引起从咽炎、脓疱疮到产后子宫内膜炎、坏死性筋膜炎和中毒性休克综合征等一系列感染。严重化脓性链球菌感染的发病率呈现波动性，通常表现为数年低发后出现激增，并具有冬季和春季高发的季节性模式。主导的emm型也随时间变化。近年来，全基因组测序（WGS）相比emm分型在流行病学监测和系统发育分析中展现出更高分辨率，可识别同一emm型内的多个亚系。2022年底至2023年春，全球多个国家报告侵袭性GAS（iGAS）感染病例增加，其中多数由emm1和emm12型引起。在瑞典南部的斯科讷医疗区，历史上emm1是严重感染中最常见的类型，但2022/23季节emm12型比例显著上升。本研究旨在探究此次增加是否由单一克隆引起，并描述相关病例的临床特征。论文发表于《European Journal of Clinical Microbiology》。
**主要技术方法**
研究人员从瑞典斯科讷区域传染病控制中心获取2016年7月1日至2023年6月30日期间所有需通报的严重化脓性链球菌感染数据（包括emm型），并纳入44例来自2016-2023年各季节11月至4月期间回收的emm12分离株。对分离株进行全基因组测序（WGS），使用核心基因组多位点序列分型（cgMLST）进行系统发育分析，并与来自丹麦、捷克共和国、葡萄牙等国的国际emm12分离株（2001-2023年）进行比较。同时，从病历中提取临床信息，包括感染病灶、严重程度、脓毒症定义（Sepsis-3标准及Phoenix脓毒症评分）、死亡率等。
**研究结果**
**1. 斯科讷地区需通报的GAS感染（2016-2023年）**
2016/17至2022/23季节，共报告66例emm12患者，其中32例（48%）出现在2022/23季节。前六个季节中，每季中位数为6例（范围1-10），占所有GAS病例的3-16%。44例经测序的emm12分离株中，66%来自血液，11%来自女性生殖道，9%来自滑液，7%来自伤口，其余来自腹腔液和鼻咽分泌物。
**2. 患者与临床表现**
44例患者中位年龄45岁，性别分布均衡，基础疾病常见。软组织感染是最常见的感染病灶（占多数），两名患者死亡。脓毒症和脓毒性休克的发生率在不同病灶间无明显差异。
**3. emm12分离株的基因组分析**
44株测序分离株中，41株（93%）为emm12.0-ST36，其余为emm12.128-ST36、emm12.37-ST242和emm12.101-ST242（ST36与ST242为单一位点变异）。核心基因组多位点序列分型（cgMLST）显示高度遗传多样性，平均差异97.9个等位基因（范围0-159），2022/23季节分离株同样多样（平均101.4个差异）。最小生成树（MST）显示2022/23季节分离株散布于整个树中，与既往季节及国际分离株（尤其是丹麦）混杂，未形成紧密簇。感染病灶与细菌聚类之间无关联。仅两株分离株携带大环内酯类耐药基因mef(A)-msr(D)，且不与国际耐药株聚类。
**讨论与结论**
讨论部分指出，2022/23季节emm12感染的增加并非由单一紧密相关的克隆引起，而是由多个遗传多样的谱系共同导致，这些谱系在之前季节已存在。与丹麦分离株的遗传相似性可归因于地理邻近和人员流动。未发现细菌聚类与感染类型或严重程度的相关性，提示宿主因素（如免疫状态和遗传背景）可能在决定临床结局中起主导作用，而非细菌特征。研究局限性包括回顾性设计、部分分离株未进行emm分型、仅选择时间子集进行测序等。
**结论**：本研究提示，2022/23季节emm12病例的增加是由多个不同克隆引起的，宿主因素可能在决定临床结局中发挥了主要作用，可能比细菌特征更为重要。
