对FFPE组织的整合蛋白质组学分析显示，宫颈疾病不同阶段中GALNT2和SEC24A基因的表达上调与恶性表型及不良预后相关

《BMC Cancer》：Integrated proteomics of FFPE tissues reveals that upregulation of GALNT2 and SEC24A across cervical disease stages correlates with aggressive phenotype and poor prognosis

　　

摘要

研究目的

本研究旨在通过分析蛋白质组变化并识别关键驱动蛋白，阐明宫颈癌发生的分子机制，尤其是从癌前病变发展为侵袭性癌的过程。

研究方法

研究人员对66份福尔马林固定石蜡包埋的组织样本进行了全面的高通量蛋白质组分析，这些样本包括正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变组织以及宫颈癌组织。所采用的生物信息学分析方法包括差异表达分析、无监督聚类分析、加权基因共表达网络分析，以及基于持续上调、预后相关性、模块共表达和现有文献支持的多标准筛选。研究还通过免疫组化检测以及TCGA-CESC队列中的外部转录组数据（n?=?304）进行验证。

研究结果

分析共鉴定出9,000多种蛋白质，发现正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变组织与宫颈癌组织之间存在显著差异。差异表达分析显示，随着疾病从正常宫颈发展至高级别鳞状上皮内病变，再发展为宫颈癌，糖酵解代谢明显增强，而氧化磷酸化则减弱，同时与免疫相关的通路也发生动态重编程，包括补体级联反应。无监督聚类分析发现了三种不同的分子亚型，每种亚型都具有独特的代谢和免疫微环境特征。这些亚型在TCGA-CESC转录组队列中得到了独立验证，该队列再现了疾病的预后梯度，并证实了GALNT2在各类亚型中的表达逐渐上升。加权基因共表达网络分析则发现了与肿瘤大小、分化程度和浸润深度等临床病理参数密切相关的功能模块。通过综合分析，GALNT2和SEC24A被确定为关键的驱动蛋白；它们的表达升高与患者生存率降低相关，免疫组化和转录组数据也证实了它们在癌症发展过程中的表达逐渐上升。

结论

本研究提供了宫颈癌进展的全面蛋白质组视角，确定GALNT2和SEC24A是调控代谢与免疫相互作用的关键因子，从而为宫颈癌的机制研究提供了新见解，并指出了潜在的治疗靶点。